Úvod

V této části použijeme dvě sekvence z předchozí části k určení podobnosti těchto sekvencí za pomoci  nástroje EBI MUSCLE, který slouží ke srovnávání sekvencí. Sekvenční srovnávání proteinových sekvencí je silnější indicíí podobností sekvencí než sekvenční srovnání založené na podobnosti nukleotidových sekvencí. saekvenční srovnávání nám umožnuje zobrazit inzerce, delece a mutace, ke kterým muselo dojít u obou sekvencí na cestě od společného předka obou sekvencí. Sekvenční srovnávání nám dále umožňuje také identifikovat aminokyseliny, které byly během evoluce dobře konzervovány.

Na závěr této části budete mít k dispozici sekvenční srovnávání na jehož základě budete moci hrubě odhadnout hlavní rozdíly mezi oběma sekvencemi.

Váš úkol

Pokračujte dle následujících instrukcí:

1. Zkopírujte všechny sekvence z tabulátoru “Aminokyselinové sekvence” (Ctrl+C).
2. Vložte zkopírované sekvence do nástroje Muscle EBI (Ctrl+V).
3. Následujte instrukce v tabulátoru Muscle.
4. Podívejte se ná výsledek a pokuste se zodpovědět přiložené otázky.

MUSCLE

1. Zkopírujte všechny sekvence z tabulátoru “Aminokyselinové sekvence” (Ctrl+C).
2. Vložte zkopírované sekvence do nástroje Muscle EBI (Ctrl+V).
3. V části “STEP 2” se přesvědčte, že “Output Format/ výstupní formát” je nastaven na Clustal W.
4. Označte tlačítko “Submit/Odešlete” a sekvenční srovnávání bude zpracováno.
5. Výsledky se brzy objeví.
6. Podívejte se ná výsledek a pokuste se zodpovědět přiložené otázky.

Aminokyselinové sekvence

>Protein_Sequence1_AVGFP_1
MSKGEELFTGVVPVLVELDGDVNGQKFSVSGEGEGDATYGKLTLNFICTTGKLPVPWPTLVTTFSYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFYKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKMEYNYNSHNVYIMGDKPKNGIKVNFKIRHNIKDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMILLEFVTAARITHGMDELYK

>Protein_Sequence2_GFPm_1
MSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTFGYGVQCFARYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITHGMDELYK

Otázky

Podívejte se na výsledné sekvenční srovnávání a zodpovězte následující otázky:

• Jak poznáte kdy jsou na dané pozici stejné aminokyseliny a kdy nejsou sekvence srovnány?
• Je  tam mnoho korespondujících aminokyselin? Obsahuje proteinové sekvenční srovnávání více podobností než nukleotidové sekvenční srovnávání?
• Co způsobuje rozdíly mezi nukleotidovým a aminokyselinovým sekvenčním srovnáváním?

Navigace aktivity

Honba za pokladem – GFP

• Honba za pokladem – GFP – úvod
• Krok 1: Vyhledávání v databázi
• Krok 2: Porovnání nukleotidových sekvencí
• Krok 3: Překlad mRNA
• Krok 4: Srovnání aminokyselinových sekvencí
• Krok 5: Struktura proteinu GFP