English
Deutsch
Français
Ελληνικά
Italiano
Svenska
Honba za pokladem – GFP
Úvod
Tato úloha “honba za pokladem” byla navržena tak, aby vás seznámila s různými bioinformatickými postupy, pomocí kterých můžete identifikovat a analyzovat sekvence DNA a proteinů. V této úloze budeme analyzovat sekvence zeleného fluorescenčního proteinu (Green Fluorescent Protein – GFP) a jemu příbuzných molekul pomocí online bioinformatických nástrojů a databází. Biologická data, např. DNA a proteinové sekvence a strukturní infomace jsou ukládány v databázích, které jsou udržovány a určeny pro vědeckou práci. Protože však je většina těchto dat vytvářena pomocí veřejných peněz v podobě grantů atd., jsou tyto databáze dostupné každému. Stejně tak jsou bioinformatické nástroje vytvářené vědeckou komunitou volně dostupné pro širokou veřejnost. V našem kurzu budeme po celou dobu používat tyto volně dostupné zdroje a nástroje.
Níže uvedené navigační menu obsahuje jednotlivé kroky první úlohy. Začněte vaši “honbu za pokladem” kliknutím na “Honba za pokladem – GFP – úvod”.
Technické požadavky
Pro používání programů JalView a Astex Viewer je zapotřebí mít v počítači nainstalovanou Javu a Java musí být rovněž povolena v internetovém prohlížeči. Javu můžete zdarma nainstalovat pomocí java.com. Informace jak povolit Javu ve vašem prohlížeči najdete zde.
Bioinformatické nástroje
ENA (European Nucleotide Archive) https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/sequence-search
Databáze poskytující vyčerpávající záznam nukleotidových sekvencí z celého světa. Pokrývá prvotní sekvenační data, jejich složení do delších úseků i funkční anotaci. ENA byla vytvořena z několika dílčích databází jako jsou EMBL-Bank, Sequence Read Archive (SRA) a Trace Archive.
MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation) http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/
Nástroj sloužící k mnohočetnému přiřazení (alignment) a porovnání sekvencí, obzvláště vhodný pro aminokyselinové sekvence.
EMBOSS Transeq (European Molecular Biology Open Software Suite Transeq) http://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq/
Nástroj, pomocí něhož můžete přeložit nukleotidovou sekvenci do odpovídající proteinové sekvence.
Protein Data Bank in Europe (PDBe) http://www.ebi.ac.uk/pdbe/
Databáze obsahující informace o struktuře biologických makromolekul.
Navigace aktivity
Níže uvedené navigační menu obsahuje jednotlivé kroky první úlohy. Začněte vaši “honbu za pokladem” kliknutím na “Honba za pokladem – GFP – úvod”.
Topic area: Bioinformatics
Age group: 16-19
Contact: emblog-ells@embl.org
Author: Philipp Gebhardt
Share:
