English
Français
Ελληνικά
Italiano
Pátrání po evoluci světločivných proteinů
Overview
V této úloze se pokusíme pomocí bioinformatických přístupů dozvědět něco o molekulární evoluci genů. Nejdříve použijeme BLAST k identifikaci “neznámého” proteinu a následně získáme z bioinformatických databází základní infromace o jeho biologické úloze. Abychom nahlédli do evoluce této proteinové rodiny, vytvoříme mnohočetná přiřazení (multiple sequence alignment) homologních proteinových sekvencí, najdeme konzervované i variabilní úseky, a pokusíme se identifikovat aminokyseliny zásadně důležité pro zachování biochemické funkce těchto proteinů. V následujícím cvičení se naučíme, jak můžeme z proteinových sekvencí vytvořit fylogenetický evoluční strom a porozumět tak pojmům homolog, paralog a ortholog a prozkoumat tyto vlastnosti v rámci naší proteinové rodiny. Na závěr si ještě prohlédneme 3D prostorovou strukturu vybraného zástupce těchto proteinů.
Technické požadavky
Tato úloha byla navržena a testována pro operační systémy Windows. Uživatelé počítačů Apple Mac mohou mít problémy s Javou během používání JalView a Astex Viewer. Doporučený internetový prohlížeč pro tuto úlohu je Mozilla Firefox.
Pro používání programů JalView a Astex Viewer je zapotřebí mít v počítači nainstalovanou Javu a Java musí být rovněž povolena v internetovém prohlížeči. Javu můžete zdarma nainstalovat pomocí java.com. Informace jak povolit Javu ve vašem prohlížeči najdete zde.
Bioinformatické nástroje
MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation)
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/
Nástroj sloužící k mnohočetnému přiřazení (alignment) a porovnání sekvencí, obzvláště vhodný pro aminokyselinové sekvence.
Protein BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ncbiblast/
Nástroj prohledávající proteinové databáze na základě proteinové sekvence. Vyhledává a porovnává podobné úseky mezi dvěma proteinovými sekvencemi a může tak být použitý k nalezení identity neznámých proteinových sekvencí.
Uniprot
http://www.uniprot.org/
Katalog informací o proteinech včetně sekvencí a biologických funkcí.
Protein Data Bank in Europe (PDBe)
http://www.ebi.ac.uk/pdbe/
Databáze obsahující informace o struktuře biologických makromolekul.
Glossary
Check out the ELLS Glossary for a growing number of bioinformatics-related terms (in English).
Activity navigation
Topic area: Evolutionary biology
Age group: 16-19
Author: Pavel Vopalensky, Eva Haas
Share:
