ELLS

European Learning Laboratory for the Life Sciences

Our inspiring educational experiences share the scientific discoveries of EMBL with young learners aged 10-19 years and teachers in Europe and beyond.

This article is also available in  English,  Čeština,  Français,  Ελληνικά and  Italiano

GFP skattjakt

Introduction

Den här skattjakten designades för att introducera deltagare till olika metoder inom bioinformatik, vilka kan användas för att identifiera och analysera DNA och proteinsekvenser. I aktiviteten ska vi analysera DNA och aminosyrasekvenser från Grön Fluorescerande Protein (GFP) och närbesläktade molekyler genom att använda olika webb-baserade databaser och analysredskap (tools). Biologiska data – t.ex., DNA och proteinsekvenser eller strukturinformation – lagras och organiseras i databaser vilka är tillgängliga för vetenskapsmän. Då merparten av data produceras med allmänna medel är de också fritt tillgängliga. På samma sätt är verktyg (tools) för bioinformatik, som designats av vetenskapsmän, finansierade genom allmänna medel och därför fritt tillgängliga för såväl andra vetenskapsmän som allmänheten. I den här aktiviteten ska vi använda sådana bioinformatik databaser och verktyg för vår analys.

Tekniska krav

Astex Viewer kräver att Java är installerad på din dator och aktiverad i din webläsare. Java kan installeras gratis via java.com. Information om hur Java aktiveras i din webläsare kan hittas här.

Bioinformatikverktyg

ENA (European Nucleotide Archive) https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/sequence-search

Databas som erhåller ett omfattande register av världens nukleotidsekvens-information, och täcker råsekvensdata, sekvenssamling-information (assembly) och funktionella kommentarer (annotation). ENA består av ett antal distinkta databaser som inkluderar EMBL-Bank, Sequence Read Archive (SRA) och Trace Archive.

MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation) http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/

Verktyg för att “aligna” och jämföra “multiple sequences”, speciellt lämpat för aminosyrasekvenser.

EMBOSS Transeq (European Molecular Biology Open Software Suite Transeq) http://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq/

Verktyg som “translaterar” nukleinsyrasekvenser till motsvarande peptidsekvenser.

Protein Data Bank in Europe (PDBe) http://www.ebi.ac.uk/pdbe/

Databas som innehåller information om strukturer av biologiska makromolekyler.

Aktivitetsnavigering

Nedanstående navigationsmeny visar de enskilda stegen i aktiviteten. Börja skattjakten genom att klicka på “GFP skattjakt introduktion” i menyn nedan.

GFP skattjakt

Topic area:  Bioinformatics

Age group:  16-19

Author: Philipp Gebhardt

Share: