Úvod

Tato úloha “honba za pokladem” byla navržena tak, aby vás seznámila s různými bioinformatickými postupy, pomocí kterých můžete identifikovat a analyzovat sekvence DNA a proteinů. V této úloze budeme analyzovat sekvence zeleného fluorescenčního proteinu  (Green Fluorescent Protein – GFP) a jemu příbuzných molekul pomocí online bioinformatických nástrojů a databází. Biologická data, např. DNA a proteinové sekvence a strukturní infomace jsou ukládány v databázích, které jsou udržovány a určeny pro vědeckou práci. Protože však je většina těchto dat vytvářena pomocí veřejných peněz v podobě grantů atd., jsou tyto databáze dostupné každému. Stejně tak jsou bioinformatické nástroje vytvářené vědeckou komunitou volně dostupné pro širokou veřejnost. V našem kurzu budeme po celou dobu používat tyto volně dostupné zdroje a nástroje.
Níže uvedené navigační menu obsahuje jednotlivé kroky první úlohy. Začněte vaši “honbu za pokladem” kliknutím na “Honba za pokladem – GFP – úvod”.

Technické požadavky

Pro používání programů JalView a Astex Viewer je zapotřebí mít v počítači nainstalovanou Javu a Java musí být rovněž povolena v internetovém prohlížeči. Javu můžete zdarma nainstalovat pomocí java.com. Informace jak povolit Javu ve vašem prohlížeči najdete zde.

Bioinformatické nástroje

ENA (European Nucleotide Archive) https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/sequence-search

Databáze poskytující vyčerpávající záznam nukleotidových sekvencí z celého světa. Pokrývá prvotní sekvenační data, jejich složení do delších úseků i funkční anotaci. ENA byla vytvořena z několika dílčích databází jako jsou EMBL-Bank, Sequence Read Archive (SRA) a Trace Archive.

MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation) http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/

Nástroj sloužící k mnohočetnému přiřazení (alignment) a porovnání sekvencí, obzvláště vhodný pro aminokyselinové sekvence.

EMBOSS Transeq (European Molecular Biology Open Software Suite Transeq) http://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq/

Nástroj, pomocí něhož můžete přeložit nukleotidovou sekvenci do odpovídající proteinové sekvence.

Protein Data Bank in Europe (PDBe) http://www.ebi.ac.uk/pdbe/

Databáze obsahující informace o struktuře biologických makromolekul.

Navigace aktivity

Níže uvedené navigační menu obsahuje jednotlivé kroky první úlohy. Začněte vaši “honbu za pokladem” kliknutím na “Honba za pokladem – GFP – úvod”.

Honba za pokladem – GFP

• Honba za pokladem – GFP – úvod
• Krok 1: Vyhledávání v databázi
• Krok 2: Porovnání nukleotidových sekvencí
• Krok 3: Překlad mRNA
• Krok 4: Srovnání aminokyselinových sekvencí
• Krok 5: Struktura proteinu GFP