
European Learning Laboratory for the Life Sciences
Our inspiring educational experiences share the scientific discoveries of EMBL with young learners aged 10-19 years and teachers in Europe and beyond.
In questa esercitazione utilizzeremo alcuni approcci bioinformatici per studiare l’evoluzione molecolare dei geni. Come prima cosa useremo BLAST per identificare una proteina “sconosciuta” e trovare informazioni generali riguardo alla sua funzione biologica. Per raccogliere indizi riguardo all’evoluzione della sua famiglia di proteine, confronteremo quindi varie sequenze di proteine fra loro omologhe e cercheremo le regioni conservate e quelle variabili all’interno della sequenza, al fine di identificare i residui che sono importanti per conservare la funzione. Nell’esercizio che segue impareremo a costruire un albero filogenetico per capire le relazioni fra omologhi, paralogi ed ortologhi, e studiare le relazioni evolutive all’interno della famiglia proteica. L’ultima parte dell’esercitazione ci porterà ad osservare la struttura tridimensionale di alcuni membri della famiglia proteica.
Questa esercitazione è stata progettata per sistemi operativi basati su Windows. Gli utilizzatori di Mac potrebbero incontrare problemi di compatibilità dovuti a Java utilizzando JalView e Astex Viewer. Il browser raccomandato per questa attività è Firefox.
JalView e Astex Viewer richiedono che Java sia installato nel computer e attivato nel browser web. Java si può installare gratuitamente via java.com. Le istruzioni per attivare Java nel browser web sono disponibili in inglese a questo link.
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/
Strumento per allineare e comprare molte sequenze, particolarmente adatto per le sequenze di aminoacidi.
http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ncbiblast/
Strumento per cercare una sequenza proteica in una banca dati di sequenze proteiche. Trova regioni di identità locale fra sequenze proteiche e può quindi essere usato per identificare una proteina ignota comparandola con quelle note presenti nella banca dati.
http://www.uniprot.org/
Catalogo che contiene informazioni sulle proteine, comprese la sequenza e la funzione.
http://www.ebi.ac.uk/pdbe/
Banca dati che contiene informazioni sulla struttura delle macromolecole biologiche.
Visita il Glossario ELLS per scoprire piú termini relativi alla bioinformatica.
Topic area: Evolutionary biology
Age group: 16-19
Author: Pavel Vopalensky, Eva Haas
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