ELLS

European Learning Laboratory for the Life Sciences

Our inspiring educational experiences share the scientific discoveries of EMBL with young learners aged 10-19 years and teachers in Europe and beyond.

This article is also available in  English,  Français,  Ελληνικά and  Italiano

Část 2: Mnohočetná přiřazení proteinových sekvencí (multiple sequence alignment)

Overview

Výborně! V první úloze jste pravděpodobně zjistili, že náš neznámý protein byl hovězí rhodopsin – světločivná molekula v sítnici oka. Teď se pokusíme dozvědět něco více o této proteinové rodině a vyzkoušíme, jestli nám bioinformatika může pomoci porozumět jejich biochemii a evoluci.

Za tímto účelem vytvoříme nejdříve mnohočetné přiřazení proteinových sekvencí. To znamená, že vezmeme mnoho aminokyselinových sekvencí (které byste získali např. zkopírováním všech výsledků z vašeho BLASTu) a pomocí bioinformatického programu je položíme na sebe tak, že podobné aminokyselinové zbytky a sekvenční úseky budou vždy pod sebou.

Připravený soubor proteinových sekvencí naleznete v záložce “Sekvence”. První z nich je hovězí rhodopsin, se kterým jste již pracovali v první části. K vytvoření mnohočetného přiřazení použijeme následně bioinformatický nástroj EMBL-EBI MUSCLE.

Vaše úloha

Postupujte následovně:
1. Pomocí EMBL-EBI MUSCLE vytvořte mnohočetné přiřazení 24 opsinových sekvencí, které získáte v záložce “Sekvence”.
2. Řiďte se instrukcemi v záložce “MUSCLE” a pokuste se odpovědět na otázky v záložce “Otázky”.

Sekvence

Your input sequences:

>Bos_rho
MNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVIYMFVVHFIIPLIVIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFFAKTSAVYNPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKNPLGDDEASTTVSKTETSQVAPA
>Homo_rho
MNGTEGPNFYVPFSNATGVVRSPFEYPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIVLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVLGGFTSTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLAGWSRYIPEGLQCSCGIDYYTLKPEVNNESFVIYMFVVHFTIPMIIIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWVPYASVAFYIFTHQGSNFGPIFMTIPAFFAKSAAIYNPVIYIMMNKQFRNCMLTTICCGKNPLGDDEASATVSKTETSQVAPA
>Homo_melan
MNPPSGPRVPPSPTQEPSCMATPAPPSWWDSSQSSISSLGRLPSISPTAPGTWAAAWVPLPTVDVPDHAHYTLGTVILLVGLTGMLGNLTVIYTFCRSRSLRTPANMFIINLAVSDFLMSFTQAPVFFTSSLYKQWLFGETGCEFYAFCGALFGISSMITLTAIALDRYLVITRPLATFGVASKRRAAFVLLGVWLYALAWSLPPFFGWSAYVPEGLLTSCSWDYMSFTPAVRAYTMLLCCFVFFLPLLIIIYCYIFIFRAIRETGRALQTFGACKGNGESLWQRQRLQSECKMAKIMLLVILLFVLSWAPYSAVALVAFAGYAHVLTPYMSSVPAVIAKASAIHNPIIYAITHPKYRVAIAQHLPCLGVLLGVSRRHSRPYPSYRSTHRSTLTSHTSNLSWISIRRRQESLGSESEVGWTHMEAAAVWGAAQQANGRSLYGQGLEDLEAKAPPRPQGHEAETPGKTKGLIPSQDPRM
>Octopus_rho
MVESTTLVNQTWWYNPTVDIHPHWAKFDPIPDAVYYSVGIFIGVVGIIGILGNGVVIYLFSKTKSLQTPANMFIINLAMSDLSFSAINGFPLKTISAFMKKWIFGKVACQLYGLLGGIFGFMSINTMAMISIDRYNVIGRPMAASKKMSHRRAFLMIIFVWMWSIVWSVGPVFNWGAYVPEGILTSCSFDYLSTDPSTRSFILCMYFCGFMLPIIIIAFCYFNIVMSVSNHEKEMAAMAKRLNAKELRKAQAGASAEMKLAKISMVIITQFMLSWSPYAIIALLAQFGPAEWVTPYAAELPVLFAKASAIHNPIVYSVSHPKFREAIQTTFPWLLTCCQFDEKECEDANDAEEEVVASERGGESRDAAQMKEMMAMMQKMQAQQAAYQPPPPPQGYPPQGYPPQGAYPPPQGYPPQGYPPQGYPPQGYPPQGAPPQVEAPQGAPPQGVDNQAYQA
>Mizuhopecten_Gqops
MADNKSTLPGLPDINGTLNRSMTPNTGWEGPYDMSVHLHWTQFPPVTEEWHYIIGVYITIVGLLGIMGNTTVVYIFSNTKSLRSPSNLFVVNLAVSDLIFSAVNGFPLLTVSSFHQKWIFGSLFCQLYGFVGGVFGLMSINTLTAISIDRYVVITKPLQASQTMTRRKVHLMIVIVWVLSILLSIPPFFGWGAYIPEGFQTSCTFDYLTKTARTRTYIVVLYLFGFLIPLIIIGVCYVLIIRGVRRHDQKMLTITRSMKTEDARANNKRARSELRISKIAMTVTCLFIISWSPYAIIALIAQFGPAHWITPLVSELPMMLAKSSSMHNPVVYALSHPKFRKALYQRVPWLFCCCKPKEKADFRTSVCSKRSVTRTESVNSDVSSVISNLSDSTTTLGLTSEGATRANRETSFRRSVSIIKGDEDPCTHPDTFLLAYKEVEVGNLFDMTDDQNRRDSNLHSLYIPTRVQHRPTTQSLGTTPGGVYIVDNGQRVNGLTFNS
>Drosophila_rh6
MASLHPPSFAYMRDGRNLSLAESVPAEIMHMVDPYWYQWPPLEPMWFGIIGFVIAILGTMSLAGNFIVMYIFTSSKGLRTPSNMFVVNLAFSDFMMMFTMFPPVVLNGFYGTWIMGPFLCELYGMFGSLFGCVSIWSMTLIAYDRYCVIVKGMARKPLTATAAVLRLMVVWTICGAWALMPLFGWNRYVPEGNMTACGTDYFAKDWWNRSYIIVYSLWVYLTPLLTIIFSYWHIMKAVAAHEKAMREQAKKMNVASLRNSEADKSKAIEIKLAKVALTTISLWFFAWTPYTIINYAGIFESMHLSPLSTICGSVFAKANAVCNPIVYGLSHPKYKQVLREKMPCLACGKDDLTSDSRTQATAEISESQA
>Drosophila_rh2
MERSHLPETPFDLAHSGPRFQAQSSGNGSVLDNVLPDMAHLVNPYWSRFAPMDPMMSKILGLFTLAIMIISCCGNGVVVYIFGGTKSLRTPANLLVLNLAFSDFCMMASQSPVMIINFYYETWVLGPLWCDIYAGCGSLFGCVSIWSMCMIAFDRYNVIVKGINGTPMTIKTSIMKILFIWMMAVFWTVMPLIGWSAYVPEGNLTACSIDYMTRMWNPRSYLITYSLFVYYTPLFLICYSYWFIIAAVAAHEKAMREQAKKMNVKSLRSSEDCDKSAEGKLAKVALTTISLWFMAWTPYLVICYFGLFKIDGLTPLTTIWGATFAKTSAVYNPIVYGISHPKYRIVLKEKCPMCVFGNTDEPKPDAPASDTETTSEADSKA
>Xenopus_melanops
MDLGKTVEYGTHRQDAIAQIDVPDQVLYTIGSFILIIGSVGIIGNMLVLYAFYRNKKLRTAPNYFIINLAISDFLMSATQAPVCFLSSLHREWILGDIGCNVYAFCGALFGITSMMTLLAISINRYIVITKPLQSIQWSSKKRTSQIIVLVWMYSLMWSLAPLLGWSSYVPEGLRISCTWDYVTSTMSNRSYTMMLCCCVFFIPLIVISHCYLFMFLAIRSTGRNVQKLGSYGRQSFLSQSMKNEWKMAKIAFVIIIVFVLSWSPYACVTLIAWAGHGKSLTPYSKTVPAVIAKASAIYNPIIYGIIHPKYRETIHKTVPCLRFLIREPKKDIFESSVRGSIYGRQSASRKKNSFISTVSTAETVSSHIWDNTPNGHWDRKSLSQTMSNLCSPLLQDPNSSHTLEQTLTWPDDPSPKEILLPSSLKSVTYPIGLESIVKDEHTNNSCVRNHRVDKSGGLDWIINATLPRIVIIPTSESNISETKEEHDNNSEEKSKRTEEEEDFFNFHVDTSLLNLEGLNSSTDLYEVVERFLS
>Platynereis_rops
MSRSEVLVPGSMSLDGLLTTAHPIGNDSIETILHPYWQQFDIENTIPDSWHYAVAAWMTFFGILGVSGNLLVVWTFLKTKSLRTAPNMLLVNLAIGDMAFSAINGFPLLTISSINKRWVWGKLWRELYAFVGGIFGLMSINTLAWIAIDRFYVITNPLGAAQTMTKKRAFIILTIIWANASLWALAPFFGWGAYIPEGFQTSCTYDYLTQDMNNYTYVLGMYLFGFIFPVAIIFFCYLGIVRAIFAHHAEMMATAKRMGANTGKADADKKSEIQIAKVAAMTIGTFMLSWTPYAVVGVFGMIKPHSEMFIHPLLAEIPVMMAKASARYNPIIYALSHPKFRAEIDKHFPWLLCCCKPKPKAQLPSSTTKGSIASKTEADTSV
>Danio_melanops
MSHHSSWRGHHCAPGDINCTAGFKESLGSRNYKLLHVPVHGPTHSHHHDPPHPFPTVDVPDHAHYIIGSVILIVGITGVIGNALVVYVFCRSRTLRTAGNMFIVNLAVADFLMSVTQSPVFFAASLHRRWVFGERPCELYAFCGALFGICSMMTLTAIAADRCLAITQPLALVSRVSRRKAGAVFVVVWLYSLGWSLPPFFGWSAYVPEGLQTSCSWDYMTFTPSVRAYTILLFVFVFFIPLGIIGSCYFAIFQTIRAAGKEIRELDCGETHKVYERMQNEWKMAKVALVVILLFIISWSPYSVVALTATAGYSHFLTPYMNSVPAVIAKASAIHNPIIYAITHPKYRVAIARYIPVLRPILRVKEKDLRSSFSSGSVSSRRPTLTSHQCSLGVSMGNAARANGRWGKTRLSSASDSDSCWTESEADGSSVSSLTFGRRVSTEISTDTVILSPGSSVSNASGQKSERAHKVVSVPVPSITFETDAADGESLSDGKALLGGN
>Sepia_rho
MGRDIPDNETWWYNPTMEVHPHWKQFNQVPDAVYYSLGIFIGICGIIGCTGNGIVIYLFTKTKSLQTPANMFIINLAFSDFTFSLVNGFPLMTISCFIKKWVFGMAACKVYGFIGGIFGLMSIMTMSMISIDRYNVIGRPMAASKKMSHRRAFLMIIFVWMWSTLWSIGPIFGWGAYVLEGVLCNCSFDYITRDSATRSNIVCMYIFAFCFPILIIFFCYFNIVMAVSNHEKEMAAMAKRLNAKELRKAQAGASAEMKLAKISIVIVTQFLLSWSPYAVVALLAQFGPIEWVTPYAAQLPVMFAKASAIHNPLIYSVSHPKFREAIAENFPWIITCCQFDEKEVEDDKDAETEIPATEQSGGESADAAQMKEMMAMMQKMQQQQAAYPPQGAYPPQGGYPPQGYPPPPAQGGYPPQGYPPPPQGYPPAQGYPPQGYPPPQGAPPQGAPPQAAPPQGVDNQAYQA
>Takifugu_TMT
MIVSNVSLSGCAGVNGAVCAAEGHQAGGSDRSTLTPTGNLVVSVFLGFIGTFGLVNNLLVLVLFCRYKMLRSPINLLLMNISISDLLVCVLGTPFSFAASTQGRWLIGEAGCVWYGFANSLFGVVSLISLAVLSFERYSTMMTPTEADPSNYCKVCLGITLSWVYSLVWTVPPLFGWSSYGPEGPGTTCSVNWTAKTTNSISYIICLFVFCLIVPFLVIVFCYGKLLCAIRQVSGINASTSRKREQRVLCMVVIMVICYLLCWLPYGVVALLATFGPPDLVTPEASIIPSVLAKSSTVINPIIYVFMNKQFYRCFLALLCCQDPRSGSSMKSSSKVATKAKGVTPTGQRRTDLLYMVASLGRPAATIPQLGPSFDATNDFTKPPSSDTIKPVVVSLAAHCDG
>Gallus_LWops
MSSNSSQAPPNGTPGPFDGPQWPYQAPQSTYVGVAVLMGTVVACASVVNGLVIVVSICYKKLRSPLNYILVNLAVADLLVTLCGSSVSLSNNINGFFVFGRRMCELEGFMVSLTGIVGLWSLAILALERYVVVCRPLGDFQFQRRHAVSGCAFTWGWALLWSTPPLLGWSSYVPEGLRTSCGPNWYTGGSNNNSYILSLFVTCFVLPLSLILFSYTNLLLTLRAAAAQQKEADTTQRAEREVTRMVIVMVMAFLLCWLPYSTFALVVATHKGIIIQPVLASLPSYFSKTATVYNPIIYVFMNKQFQSCLLEMLCCGYQPQRTGKASPGTPGPHADVTAAGLRNKVMPAHPV
>Xenopus_Parietops
MDGNSTTPGIAVNLTVMPTIFPRSGYSILSFLMFLNAVFSICNNAIVILVTLKHPQLRNPINIFILNLSFSDLMMALCGTTIVVSTNYHGYFYLGKQFCIFQGFAVNYFGIVSLWSLTLLAYERYNVVCEPIGALKLSTKRGYQGLVFIWLFCLFWAIAPLFGWSSYGPEGVQTSCSIGWEERSWSNYSYIISYFLTCFIIPVGIIGFSYGSILRSLHQLNRKIEQQGGKTNPREEKRVVIMVLFMVLAFLICWLPYTVFALIVVINPQLYISPLAATLPTYFAKTSPVYNPIIYIFLNKQFRTYAVQCLTCGHINLDSLEEDTESVSAQAENMLTPKTNQVAPA
>Danio_MW4
MNGTEGNNFYIPLSNRTGLARSPYEYPQYYLAEPWQFKLLAVYMFFLICLGFPINGLTLLVTAQHKKLRQPLNFILVNLAVAGTIMVCFGFTVTFYTAINGYFVLGPTGCAIEGFMATLGGEVALWSLVVLAVERYIVVCKPMGSFKFSASHAFAGCAFTWVMAMACAAPPLVGWPRYIPEGMQCSCGPDYYTLNPEYNNESYVLYMFICHFILPVTIIFFTYGRLVCTVKAAAAQQQESESTQKAEREVTRMVILMVLGFLIAWTPYATVAAWIFFNKGAAFSAQFMAVPAFFSKTSALYNPVIYVLLNKQFRNCMLTTLFCGKNPLGDDESSTVSTSKTEVSSVSPA
>Danio_extraocular
MNGTEGPNFYVPMSNRTGLVRSPFEEPQYYLAEPWQFSLLAAYMLFLILGSFPINALTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVLGGFTVTLYTALHGYFLLGVTGCNIEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYIVVCKPMSTFRFGEKHAIIGVGFTWVMALTCAVPPLLGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPKPEVHNTSFVIYMFILHFSIPLLIIFFCYSRLLCTVRAAAAQQQESETTQRAEREVTRMVVVMVIAFLVCWVPYASVAWYIFANQGAEFGPVFMTVPAFFAKSAALYNPVIYIMLNRQFRNCMLSTVCCGKNPLAEDESSSAVSSKTQSSVVSSAQVSPA
>Latimeria_Rh2
MNGTEGMNFYVPLSNRTGLVRSPFEYTQYYLAEPWKFSVLCAYMFLLIILGFPINFLTLLVTFKHKKLRQPLNYILVNLAVASLFMVVFGFTVTFYSSLNGYFVLGPMGCAMEGFFATLGGQVALWSLVVLAIERYIVVCKPMGNFRFASSHAIMGIAFTWIMALACAAPPLVGWSRYIPEGLQCSCGPDYYTLNPDFHNESYVMYLFLVHFLLPIIIIFFTYGRLICKVKEAAAQQQESASTQKAEKEVTRMVILMVIGFLTAWVPYASAAFWIFCNRGAEFTATLMTVPAFFSKSSCLFNPIIYVLLNKQFRNCMITTLCCGKNPLGDDDTSSAVSQSKTDVSSVSSSQVSPA
>Xenopus_green_ops
MSKGRPDLRMEMPDEFYVPIPLETTNISSLSPFLVPQTHLGTPGIFMSISAFMLFTIIFGFPLNLLTIICTVKYKKLRSHLNYILVNLAVANLIVICFGSTTAFYSFSQMYFSLGTLACKIEGFTATLGGIIGLWSLAVVAFERFLVICKPMGNFTFRESHAVLGCILTWVIGLVAAIPPLLGWSRYIPEGLQCSCGPDWYTVNNKWNNESYVLFLFCFCFGFPLAIIVFSYGRLLLALHAVAKQQEQSATTQKAEREVTRMVIVMVVGFLVCWLPYASFALWAVTHRGELFDLRMSSVPSVFSKASTVYNPFIYIFMNRQFRSCMMKMIFCGKNPLGDDEETSVSGSTQVSSVSSSQIAPS
>Xenopus_violet_ops
MLEEEDFYLFKNVSNVSPFDGPQYHIAPKWAFTLQAIFMGMVFLIGTPLNFIVLLVTIKYKKLRQPLNYILVNITVGGFLMCIFSIFPVFVSSSQGYFFFGRIACSIDAFVGTLTGLVTGWSLAFLAFERYIVICKPMGNFNFSSSHALAVVICTWIIGIVVSVPPFLGWSRYMPEGLQCSCGPDWYTVGTKYRSEYYTWFIFIFCFVIPLSLICFSYGRLLGALRAVAAQQQESASTQKAEREVSRMVIFMVGSFCLCYVPYAAMAMYMVTNRNHGLDLRLVTIPAFFSKSSCVYNPIIYSFMNKQFRGCIMETVCGRPMSDDSSVSSTSQRTEVSTVSSSQVSPA
>Gallus_blue_ops
MHPPRPTTDLPEDFYIPMALDAPNITALSPFLVPQTHLGSPGLFRAMAAFMFLLIALGVPINTLTIFCTARFRKLRSHLNYILVNLALANLLVILVGSTTACYSFSQMYFALGPTACKIEGFAATLGGMVSLWSLAVVAFERFLVICKPLGNFTFRGSHAVLGCVATWVLGFVASAPPLFGWSRYIPEGLQCSCGPDWYTTDNKWHNESYVLFLFTFCFGVPLAIIVFSYGRLLITLRAVARQQEQSATTQKADREVTKMVVVMVLGFLVCWAPYTAFALWVVTHRGRSFEVGLASIPSVFSKSSTVYNPVIYVLMNKQFRSCMLKLLFCGRSPFGDDEDVSGSSQATQVSSVSSSHVAPA
>Danio_LWops
MAEHWGDAIYAARRKGDETTREAMFTYTNSNNTKDPFEGPNYHIAPRWVYNVATVWMFFVVVASTFTNGLVLVATAKFKKLRHPLNWILVNLAIADLGETLFASTISVINQFFGYFILGHPMCIFEGYTVSVCGIAALWSLTVISWERWVVVCKPFGNVKFDAKWASAGIIFSWVWAAAWCAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFSGSEDPGVQSYMVVLMITCCIIPLAIIILCYIAVYLAIHAVAQQQKDSESTQKAEKEVSRMVVVMIFAYCFCWGPYTFFACFAAANPGYAFHPLAAAMPAYFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRVCIMQLFGKKVDDGSEVSTSKTEVSSVAPA
>Danio_SWops
MDAWAVQFGNASKVSPFEGEQYHIAPKWAFYLQAAFMGFVFIVGTPMNGIVLFVTMKYKKLRQPLNYILVNISLAGFIFDTFSVSQVSVCAARGYYSLGYTLCSMEAAMGSIAGLVTGWSLAVLAFERYVVICKPFGSFKFGQGQAVGAVVFTWIIGTACATPPFFGWSRYIPEGLGTACGPDWYTKSEEYNSESYTYFLLITCFMMPMTIIIFSYSQLLGALRAVAAQQAESESTQKAEREVSRMVVVMVGSFVLCYAPYAVTAMYFANSDEPNKDYRLVAIPAFFSKSSSVYNPLIYAFMNKQFNACIMETVFGKKIDESSEVSSKTETSSVSA
>Homo_MWops
MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWMIFVVIASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISVVNQVYGYFVLGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWMVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWAAVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFSGSSYPGVQSYMIVLMVTCCITPLSIIVLCYLQVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMVLAFCFCWGPYAFFACFAAANPGYPFHPLMAALPAFFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLFGKKVDDGSELSSASKTEVSSVSSVSPA
>Danio_mel_rec1A
MFMNGSSLNSSALDPSEQALQRPPWVTTTLGCFLIFTIVVDILGNLLVIFSVYRNKKLQNAGNIFVVSLAVADLVVAIYPYPLVLTSIFHRGWNLGYMHCQISGFLMGVSVIGSIFNITGIAINCYCYICHSLKYDKLYSDKNSVCYVLLIWALTVLAIVPNLFVGSLQYDPRVYSCTFEQSASSAYTIAVVFFHFILPIMIVTYCYLRIWVLVIQVRRRVKPDNRPKITPHDVRNFVTMFVVFVLFAVCWAPLNFIGLAVAISPERVVPLIPEWLFVASYFMAYFNSCLNAIVYGVLNQNFRREYKRIVVSVCTARIFFGESSNEAQERLKSKPSPLMTNNNQVKVDSV

MUSCLE

1. Zkopírujte a vložte všechny aminokyselinové sekvence (včetně názvu a znaménka “>”) najednou do políčka vstupních sekvencí (viz níže). Případně můžete nahrát FASTA soubor, který obsahuje dané sekvence, přímo z vašeho počítače.

2. Jako výstupní formát (Output format) vyberte ClustalX.

3. Klikněte na tlačítko “Submit”.

4. Po chvilce je vytvořeno mnohočetné přiřazení všech opsinových sekvencí. Výsledky si můžete prohlédnout v záložce “Alignment”, pro lepší zobrazení doporučujeme kliknout na “Show colors”.

5. Pro pokročilejší analýzu musíme použít program JalView, s jehož pomocí můžeme mnohočetné přiřazení editovat. Klikněte pravým tlačítkem “Results Summary” a otevřete je v další záložce internetového prohlížeče (“Open Link in New Tab”). V této nové záložce prohlížeče pak otevřete alignment pomocí “JalView”. (Otevření nové záložky prohlížeče jsme dělali proto, aby okno JalView zůstalo otevřené nezávisle na dalších krocích. S dalšími kroky úlohy můžete pokračovat v původní záložce prohlížeče).

6. Ujistěte se, že váš alignment obsahuje všech 24 sekvencí (případně můžete i roztáhnout okno JalView do výšky za pravý dolní roh).

Hydrophobicity Scale
Identity Scale

V okně JalView můžete vybrat různá kritéria pro zvýraznění mnohočetného přiřazení (vše najdete pod záložkou “Colour”). Můžete např. zvolit barevné zvýraznění podle procent identity či na základě hydrofobicity aminokyselin.

7. Dole v okně JalView jsou zobrazena skóre mnohočetného přiřazení v podobě sloupců odrážejících totožnost/podobnost. Pozorujete nějaké zvláštnosti či nápadné vzorce? Pokuste se odpovědět na otázky v záložce “Otázky”.

Pozor: nezavírejte okno JalView po skončení této části úlohy, jelikož jej budeme ještě potřebovat.

Otázky

1. Co můžete usoudit z vašeho mnohočetného přiřazení?
2. Pozorujete nějaké úseky sekvencí, které jsou si podobnější než jiné. Jestli ano, kolik? Jaké biochemické povahy jsou tyto více podobné (konzervované) úseky (jsou spíše zásadité, kyselé, hydrofobní či hodrofilní…?)
3. Naleznete nějaké vysoce konzervované (přítomné v drtivé většině) aminokyselinové zbytky či krátké motivy přítomné ve všech opsinových sekvencích? Pozor, jedna ze sekvencí – “Danio_mel_rec1A” – není opsin, nýbrž pouze jemu evolučně blízká molekula, kterou máme v alignmentu jen pro pozdější účely. Pro tento bod úlohy ji proto prosím ignorujte.

Activity navigation

Share: