English
Čeština
Français
Italiano
Svenska
Βήμα 5: Δομή της πράσινης φθορίζουσας πρωτεΐνης – GFP
Σφαιρικη εικονα
Στο τελευταίο μέρος της δραστηριότητας, θα χρησιμοποιήσουμε τη βάση δεδομένων για πρωτεΐνες Protein Data Bank Europe (PDBe), ώστε να οπτικοποιήσουμε ένα διαδραστικό και τρισδιάστατο μοντέλο της δομής της πρωτεΐνης το οποίο μπορούμε να χειριστούμε εύκολα.
Η εργασία σου
Προχώρησε όπως περιγράφεται παρακάτω:
- Κάνε κλικ στην επιλογή “PDBe”.
- Κάνε αναζήτηση είτε για πράσινη φθορίζουσα πρωτεΐνη Green Fluorescent Protein, GFP, είτε για 1GFL.
- Ακολούθησε τις οδηγίες στην επιλογή “PDBe” και προσπάθησε να απαντήσεις στην ερώτηση που ακολουθεί.
Βάση δεδομένων PDBe
- Άνοιγμα συνδέσμου σε νέο παράθυρο προγράμματος περιήγησης: https://www.ebi.ac.uk/pdbe/
- Στο πεδίο “αναζήτηση” εισήγαγε είτε πράσινη φθορίζουσα πρωτεΐνη, Green Fluorescent Protein, GFP, ή 1GFL και πίεσε το πλήκτρο “Search”.
- Με αυτή την ενέργεια μεταφέρεσαι σε όλες τις καταχωρήσεις που υπάρχουν στη βάση δεδομένων PDBe για την πράσινη φθορίζουσα πρωτεΐνη. Αν κάνεις κλικ στην εικόνα μιας πρωτεΐνικής δομής μπορείς να ανοίξεις ένα διαδραστικό τρισδιάστατο viewer (εναλλακτικά, κάνε κλικ στο “View in 3D” και μετά επίλεξε “Astex Viewer”). Μπορεί να σου ζητηθεί άδεια να χρησιμοποιήσεις τη Java σε αυτό το στάδιο. Τώρα θα είσαι σε θέση να δεις ένα τρισδιάστατο μοντέλο της δομής της GFP μορφής “κορδέλας”. Επιπλέον μπορείς να χρησιμοποιήσεις τον κέρσορα σου για να περιστρέψεις τη δομή. Κάποια επιλεγμένα στοιχεία (όπως ο τύπος απεικόνισης της δομής ή το χρώμα) μπορούν να τροποποιηθούν είτε χρησιμοποιώντας το μενού στα αριστερά, είτε κάνοντας δεξί κλικ πάνω στην εικόνα.
Ερωτήσεις
Τώρα μπορείς να “παίξεις” με το διαδραστικό τρισδιάστατο μοντέλο της πρωτεΐνης και να προσπαθήσεις να απαντήσεις τις επόμενες ερωτήσεις:
- Ποιο είναι το σχήμα του μορίου της GFP;
- Μπορείς να εντοπίσεις το χρωμοφόρο στη μοριακή δομή της πρωτεΐνης;
- Τι επίδραση μπορεί να έχουν τυχόν μεταλλάξεις στη δομή της πρωτεΐνης;
Πλοήγηση δραστηριότητας
Share:
