Teil 2: Identität und Funktion von Proteinen

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In Teil 1 haben wir die unbekannte DNA-Sequenz erfolgreich in eine Aminosäuresequenz übersetzt. Unsere Expedition, um die Geheimnisse dieses unbekannten Proteins zu entschlüsseln, hat jedoch gerade erst begonnen. Zum jetzigen Zeitpunkt wissen wir noch nichts über die Funktion des Proteins. Um weitere Erkenntnisse zu gewinnen, werden wir eine umfassende Datenbank mit bekannten Proteinsequenzen durchsuchen, um ähnliche Sequenzen zu finden, die Aufschluss über die Funktion des Proteins geben könnten.

Wir werden die Bioinformatik-Methode NCBI BLAST+ verwenden, um uns bei diesem Prozess zu unterstützen. NCBI BLAST+ ermöglicht es, Aminosäuresequenzen zu identifizieren und zu vergleichen. Hier werden wir es verwenden, um bekannte Sequenzen zu identifizieren, die unserer unbekannten Sequenz ähnlich sind.

Deine Aufgabe

Bitte befolge die unten aufgeführten Schritte:
1. Kopiere die Aminosäuresequenz, die du kürzlich übersetzt hast. Du findest sie in der vorangegangenen Aufgabe oder kannst sie über den angegebenen Link hier herunterladen. Verwende einen Texteditor (z.B. TextEdit und Notepad), um FASTA-Dateien zu öffnen.
2. Gehe auf die Registerkarte “NCBI BLAST+” und befolge die Anweisungen, um mit der NCBI BLAST+ Methode nach der Identität des Proteins zu suchen.
3. Versuche, die Fragen auf der Registerkarte “Fragen” zu beantworten.

NCBI BLAST+

1. Greife auf die NCBI BLAST-Methode im untenstehenden Fenster zu.
2. Vergewissere dich in ‚STEP 1‘, dass die Datenbank “UniProtKB/Swiss-Prot” ausgewählt ist.
3. Füge in ‚STEP 2‘ die Aminosäuresequenz in das Abfragefeld ein.
4. Vergewissere dich in ‚STEP 3‘, dass das Programm “blastp” ausgewählt ist.
5. Führe die Methode aus, indem du auf “Submit” klickst.
6. Prüfe die Datentabelle (“Summary Table”) und versuche, die mit der Aufgabe verbundenen Fragen zu beantworten.

Hinweis: In der Übersichtstabelle werden Sequenzen aus der Datenbank angezeigt, die nach ihrer Ähnlichkeit mit der eingefügten Sequenz aufgelistet sind. Die ähnlichste Sequenz, auch bekannt als bester Treffer, wird am Anfang der Liste angezeigt.

Fragen

1. Welches Protein ist der beste Treffer in der Proteindatenbank und von welcher Art stammt es?
2. Wie hoch ist der Prozentsatz der Identität zwischen dem unbekannten Protein und dem besten Treffer?
3. Welche biologische Funktion ist für den besten Treffer bekannt? Um diese Informationen zu erhalten, klicke mit der rechten Maustaste auf die zweite Spalte der Ergebnistabelle (DB:ID) und öffne den Link in einer neuen Registerkarte.