{"id":36427,"date":"2023-07-06T09:50:01","date_gmt":"2023-07-06T09:50:01","guid":{"rendered":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-4-phylogenetic-analysis\/"},"modified":"2023-07-14T07:03:45","modified_gmt":"2023-07-14T07:03:45","slug":"part-4-phylogenetic-analysis","status":"publish","type":"teachingbase","link":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-4-phylogenetic-analysis\/?lang=de","title":{"rendered":"Teil 4: Phylogenetische Analyse"},"content":{"rendered":"\n<div class=\"vf-tabs\"><ul class=\"vf-tabs__list\" data-vf-js-tabs=\"true\"><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-642f7ed5-2993-4c31-b70b-7ffd8ff9c04d\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">\u00dcbersicht<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-1eaf137f-ffdd-46e0-beee-42834893e5ab\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Deine Aufgabe<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-69241370-32fb-4b41-bb67-bfbd37b87933\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Simple Phylogeny<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-00d9f095-46a3-40b6-84e5-e898498f61b3\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Fragen<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-5b32989c-1503-4b3e-90ed-b4adf182864e\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Aktivit\u00e4ten-Navigation<\/a><\/li><\/ul><div class=\"vf-tabs-content\" data-vf-js-tabs-content=\"true\">\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-642f7ed5-2993-4c31-b70b-7ffd8ff9c04d\"><h2>\u00dcbersicht<\/h2>\n<p>Nach erfolgreichem Alignment der verschiedenen Rhodopsin-Aminos\u00e4urensequenzen werden wir nun einen phylogenetischen Baum der 21 Rhodopsine erstellen. Ein phylogenetischer Baum ist eine visuelle Darstellung, die die evolution\u00e4ren Beziehungen zwischen verschiedenen Arten veranschaulicht. Dies geschieht durch die Analyse von Variationen in ihren genetischen Merkmalen, wie z. B. Unterschiede in den DNA- und Aminos\u00e4uresequenzen.<\/p>\n\n\n\n<p>Um einen phylogenetischen Baum auf der Grundlage unseres Sequenzalignments zu erstellen, k\u00f6nnen wir die bioinformatische Methode Simple Phylogeny verwenden.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-1eaf137f-ffdd-46e0-beee-42834893e5ab\"><h2>Deine Aufgabe<\/h2>\n<p><strong>Bitte befolge die unten aufgef\u00fchrten Schritte:<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p><strong>1. <\/strong>Folge den Anweisungen auf der Registerkarte &#8220;Simple Phylogeny&#8221;.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>2.<\/strong> Versuche, die Fragen auf der Registerkarte &#8220;Fragen&#8221; zu beantworten.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-69241370-32fb-4b41-bb67-bfbd37b87933\"><h2>Simple Phylogeny<\/h2>\n<p><strong>1.<\/strong> F\u00fcge das Alignment der Aminos\u00e4uresequenzen, einschlie\u00dflich &#8220;CLUSTAL O(1.2.4) multiple sequence alignment&#8221;, in das Eingabefeld (STEP 1) im unteren Fenster ein. (Alternativ kannst du auch <a href=\"https:\/\/drive.google.com\/file\/d\/1_QwQ9w6LzBDceP2LvVcHTS9yYrUIKfiP\/view?usp=drive_link\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">diese FASTA-<\/a><a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/drive.google.com\/file\/d\/1_QwQ9w6LzBDceP2LvVcHTS9yYrUIKfiP\/view?usp=drive_link\" target=\"_blank\">Datei<\/a> mit den Sequenzen von deinem Computer hochladen).<\/p>\n\n\n\n<p><strong>2.<\/strong> Behalte in \u2018STEP 2\u2019 die Standardeinstellungen bei.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>3. <\/strong>Best\u00e4tige deine Eingaben und erstelle den phylogenetischen Baum.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>4. <\/strong>Klicke auf die Registerkarte &#8220;Phylogenetic Tree&#8221;. Die Ergebnisse werden standardm\u00e4\u00dfig in Form eines &#8220;Cladograms&#8221; angezeigt. Kladogramme stellen die Verzweigungsmuster der Arten dar, geben aber keinen Aufschluss \u00fcber die evolution\u00e4ren Zeitunterschiede zwischen den Gruppen. Wenn du die Zweigl\u00e4nge als &#8220;Real&#8221; ausw\u00e4hlst, erh\u00e4ltst du Informationen \u00fcber die Zeitspannen zwischen den Verzweigungspunkte.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>5. <\/strong>Analysiere die phylogenetische Baumstruktur und versuche, einige der Fragen auf der Grundlage deiner Beobachtungen zu beantworten.<\/p>\n\n\n\n<div class=\"vf-embed vf-embed--16x9 | vf-u-margin__bottom--400\"\n>\n<iframe src=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/phylogeny\/simple_phylogeny\/\" frameborder=\"0\" controls allowfullscreen><\/iframe><\/div>\n\n\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-00d9f095-46a3-40b6-84e5-e898498f61b3\"><h2>Fragen<\/h2>\n<p><strong>1<\/strong>. Untersuche die &#8220;Real&#8221; phylogenetische Baumstruktur. Beachte die beiden Sequenzen, die als Ausrei\u00dfer zu sehen sind. Zu welcher Art geh\u00f6ren diese Rhodopsin-Sequenzen und welche Merkmale machen sie deiner Meinung nach zu Ausrei\u00dfern?<\/p>\n\n\n\n<p><strong>2. <\/strong>Beobachte die Struktur des &#8220;Cladograms&#8221;. Der Baum teilt die Sequenzen zun\u00e4chst in drei Hauptgruppen auf. Spiegelt diese Aufteilung im Allgemeinen die evolution\u00e4ren Beziehungen zwischen den Arten wider? Gibt es irgendwelche Ausnahmen oder Unstimmigkeiten?<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-5b32989c-1503-4b3e-90ed-b4adf182864e\"><h2>Aktivit\u00e4ten-Navigation<\/h2>\n<p> \u25cf <a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/?lang=de\" target=\"_blank\">Einleitung<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-1-from-dna-to-protein-sequence\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">\u25cf Teil 1: Von der DNA zur Proteinsequenz<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-2-protein-identity-and-function\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">\u25cf Teil 2: Identit\u00e4t und Funktion von Proteinen<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-3-multiple-sequence-alignment\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">\u25cf Teil 3: Multiples Sequenzalignment<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-4-phylogenetic-analysis\/?lang=de\" target=\"_blank\"><strong>\u25cf <\/strong><\/a><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-4-phylogenetic-analysis\/?lang=de\"><strong>Teil 4: Phylogenetische Analyse<\/strong><\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-5-structural-analysis\/?lang=de\" target=\"_blank\">\u25cf Teil 5: Strukturelle Analyse<\/a><\/p>\n<\/section>\n<\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"featured_media":36219,"parent":36401,"menu_order":4,"template":"","class_list":["post-36427","teachingbase","type-teachingbase","status-publish","has-post-thumbnail","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/36427","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/types\/teachingbase"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/36401"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media\/36219"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=36427"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}