{"id":36423,"date":"2023-07-06T09:49:04","date_gmt":"2023-07-06T09:49:04","guid":{"rendered":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-3-multiple-sequence-alignment\/"},"modified":"2023-07-14T06:53:22","modified_gmt":"2023-07-14T06:53:22","slug":"part-3-multiple-sequence-alignment","status":"publish","type":"teachingbase","link":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-3-multiple-sequence-alignment\/?lang=de","title":{"rendered":"Teil 3: Multiples Sequenzalignment"},"content":{"rendered":"\n<div class=\"vf-tabs\"><ul class=\"vf-tabs__list\" data-vf-js-tabs=\"true\"><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-7598e4b0-bc8d-4747-9b2f-1cfbab5a5649\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">\u00dcbersicht<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-023d5ea7-e7a8-4bf7-8217-721079a1aaa8\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Deine Aufgabe<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-f9ab8ab5-a1b8-4958-92c4-f8acc6e122d3\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Sequenzen<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-af77e21e-cc8e-41f0-aa74-7f112f133274\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Clustal Omega<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-d24452c0-50ca-4416-b035-2e5f70dc37dd\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Fragen<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-059237fe-aeba-4999-ba07-b99de87ae8bf\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Aktivit\u00e4ten-Navigation<\/a><\/li><\/ul><div class=\"vf-tabs-content\" data-vf-js-tabs-content=\"true\">\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-7598e4b0-bc8d-4747-9b2f-1cfbab5a5649\"><h2>\u00dcbersicht<\/h2>\n<p>Sehr gut gemacht! In Teil 2 haben wir herausgefunden, dass unser unbekanntes Protein h\u00f6chstwahrscheinlich Rhodopsin ist &#8211; das lichtempfindliche Protein der Netzhaut. Rhodopsine geh\u00f6ren zu einer Klasse von Proteinen, die Opsine genannt werden und meistens ein Chromophor namens Retinal binden.<\/p>\n\n\n\n<p>Jetzt wollen wir mehr \u00fcber Rhodopsine erfahren und Methoden der Bioinformatik nutzen, um ihre evolution\u00e4ren Ver\u00e4nderungen zu untersuchen. Dies wird uns dabei helfen, die Entwicklung der neuen Art zu verstehen und eng verwandten Arten zu identifizieren. Zu diesem Zweck f\u00fchren wir ein sogenanntes multiples Sequenzalignment durch. Dies ist eine Technik, bei der zahlreiche Rhodopsin-Aminos\u00e4uresequenzen aus verschiedenen Arten \u00fcbereinander angeordnet werden. Das Alignment stellt sicher, dass \u00e4hnliche Aminos\u00e4uren m\u00f6glichst konsistent \u00fcbereinander angeordnet sind. Wenn dies bei einem gro\u00dfen Teil der Aminos\u00e4uren der Fall ist, bedeutet es, dass die Sequenzen eng miteinander verwandt sind.\u00a0<\/p>\n\n\n\n<p>Eine Reihe von vorbereiteten Sequenzen findest du auf der Registerkarte &#8220;Sequenzen&#8221;. Die erste Sequenz (&#8220;>New species (Unknown)&#8221;) entspricht dem Rhodopsin, das du zuvor entschl\u00fcsselt hast. Die anderen Sequenzen entsprechen Rhodopsinen von 20 verschiedenen Organismen, darunter Rhodopsine vom Menschen und g\u00e4ngigen Forschungsorganismen wie Fruchtfliegen, Hausm\u00e4use, Ratten und Zebrafische.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-023d5ea7-e7a8-4bf7-8217-721079a1aaa8\"><h2>Deine Aufgabe<\/h2>\n<p><strong>Bitte befolge die unten aufgef\u00fchrten Schritte:<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p><strong>1. <\/strong>Verwende die auf der Registerkarte &#8220;Sequenzen&#8221; verf\u00fcgbaren Rhodopsinesequenzen von 21 verschiedenen Arten und f\u00fchre mit Hilfe der EMBL-EBI Clustal Omega Methode ein multiples Sequenzalignment durch.<br><strong>2.<\/strong> Befolge die Anweisungen auf der Registerkarte &#8220;Clustal Omega&#8221;.<br><strong>3. <\/strong>Versuche, die Fragen auf der Registerkarte &#8220;Fragen&#8221; zu beantworten.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-f9ab8ab5-a1b8-4958-92c4-f8acc6e122d3\"><h2>Sequenzen<\/h2>\nIhre Eingabesequenzen:\n\n<pre class=\"wp-block-code vf-u-text--break\"><code>\n>New species (Unknown) \nMNGTEGPFGYIPMSNATGLVRSPYDYPQYYLVPPWGYACLAAYMFLLILTGFPVNFLTLY\nVTIEHKKLRSPLNYILLNLAVADLFMVIGGFTTTMWTSLBGYFVFGRMGCNIEGFFATLG\nGEIALWSLVVLSMERWIVVCKPISNFRFGENHAVMGVAFSWFMAAACAVPPLVGWSRYIP\nEGMQCSCGIDYYTRAEGFNNESFVIYMFVVFFTCPLTIITFCYGRLVCTVKEAAAQQQES\nETTQRAEREVTRMVIITFVAFLACWVPYASVAWYIFTHQGSEFGPVFMTIPAFFAKSSAV\nYNPVIYICLNKQFRHCMITTLCCGKNPFEEEEGSTTASKTEASSVCSVSPHA\n\n>Drosophila melanogaster (Fruit fly)\nMASLHPPSFAYMRDGRNLSLAESVPAEIMHMVDPYWYQWPPLEPMWFGIIGFVIAILGTM\nSLAGNFIVMYIFTSSKGLRTPSNMFVVNLAFSDFMMMFTMFPPVVLNGFYGTWIMGPFLC\nELYGMFGSLFGCVSIWSMTLIAYDRYCVIVKGMARKPLTATAAVLRLMVVWTICGAWALM\nPLFGWNRYVPEGNMTACGTDYFAKDWWNRSYIIVYSLWVYLTPLLTIIFSYWHIMKAVAA\nHEKAMREQAKKMNVASLRNSEADKSKAIEIKLAKVALTTISLWFFAWTPYTIINYAGIFE\nSMHLSPLSTICGSVFAKANAVCNPIVYGLSHPKYKQVLREKMPCLACGKDDLTSDSRTQA\nTAEISESQA\n\n>Sus scrofa (Wild boar)\nMNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEYPQYYLAEPWQFSMLAAYMFMLIVLGFPINFLTLY\nVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLG\nGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGLALTWVMALACAAPPLVGWSRYIP\nEGLQCSCGIDYYTLKPEVNNESFVIYMFVVHFSIPLVIIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQES\nATTQKAEKEVTRMVIIMVVAFLICWLPYASVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFFAKSASI\nYNPVIYIMMNKQFRNCMLTTLCCGKNPLGDDEASTTTSKTETSQVAPA\n\n>Bos taurus (Cattle)\nMNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLY\nVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLG\nGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIP\nEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVIYMFVVHFIIPLIVIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQES\nATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFFAKTSAV\nYNPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKNPLGDDEASTTVSKTETSQVAPA\n\n>Homo sapiens (Human)\nMNGTEGPNFYVPFSNATGVVRSPFEYPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIVLGFPINFLTLY\nVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVLGGFTSTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLG\nGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLAGWSRYIP\nEGLQCSCGIDYYTLKPEVNNESFVIYMFVVHFTIPMIIIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQES\nATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWVPYASVAFYIFTHQGSNFGPIFMTIPAFFAKSAAI\nYNPVIYIMMNKQFRNCMLTTICCGKNPLGDDEASATVSKTETSQVAPA\n\n>Mus musculus (House mouse) \nMNGTEGPNFYVPFSNVTGVVRSPFEQPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIVLGFPINFLTLY\nVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLG\nGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVVFTWIMALACAAPPLVGWSRYIP\nEGMQCSCGIDYYTLKPEVNNESFVIYMFVVHFTIPMIVIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQES\nATTQKAEKEVTRMVIIMVIFFLICWLPYASVAFYIFTHQGSNFGPIFMTLPAFFAKSSSI\nYNPVIYIMLNKQFRNCMLTTLCCGKNPLGDDDASATASKTETSQVAPA\n\n>Gallus gallus (Red junglefowl)\nMNGTEGQDFYVPMSNKTGVVRSPFEYPQYYLAEPWKFSALAAYMFMLILLGFPVNFLTLY\nVTIQHKKLRTPLNYILLNLVVADLFMVFGGFTTTMYTSMNGYFVFGVTGCYIEGFFATLG\nGEIALWSLVVLAVERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFSWIMAMACAAPPLFGWSRYIP\nEGMQCSCGIDYYTLKPEINNESFVIYMFVVHFMIPLAVIFFCYGNLVCTVKEAAAQQQES\nATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWVPYASVAFYIFTNQGSDFGPIFMTIPAFFAKSSAI\nYNPVIYIVMNKQFRNCMITTLCCGKNPLGDEDTSAGKTETSSVSTSQVSPA\n\n>Cricetulus griseus (Chinese Hamster)\nMNGTEGPNFYVPFSNATGVVRSPFEYPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIVLGFPINFLTLY\nVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLG\nGEIALWSLVVLAIERYVVICKPMSNFRFGENHAIMGVVFTWIMALACAAPPLVGWSRYIP\nEGMQCSCGVDYYTLKPEVNNESFVIYMFVVHFTIPLIVIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQES\nATTQKAEKEVTRMVILMVVFFLICWFPYAGVAFYIFTHQGSNFGPIFMTLPAFFAKSSSI\nYNPVIYIMMNKQFRNCMLTTLCCGKNILGDDEASATASKTETSQVAPA\n\n>Canis lupus familiaris (Dog)\nMNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEYPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIVLGFPINFLTLY\nVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNVEGFFATLG\nGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLAGWSRYIP\nEGMQCSCGIDYYTLKPEINNESFVIYMFVVHFAIPMIVIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQES\nATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWVPYASVAFYIFTHQGSDFGPIFMTLPAFFAKSSSI\nYNPVIYIMMNKQFRNCMITTLCCGKNPLGDDEASASASKTETSQVAPA\n\n>Danio rerio (Zebrafish)\nMNGTEGPAFYVPMSNATGVVRSPYEYPQYYLVAPWAYGLLAAYMFFLIITGFPVNFLTLY\nVTIEHKKLRTPLNYILLNLAIADLFMVFGGFTTTMYTSLHGYFVFGRLGCNLEGFFATLG\nGEMGLWSLVVLAIERWMVVCKPVSNFRFGENHAIMGVAFTWVMACSCAVPPLVGWSRYIP\nEGMQCSCGVDYYTRTPGVNNESFVIYMFIVHFFIPLIVIFFCYGRLVCTVKEAAAQQQES\nETTQRAEREVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAWYIFTHQGSEFGPVFMTLPAFFAKTSAV\nYNPCIYICMNKQFRHCMITTLCCGKNPFEEEEGASTTASKTEASSVSSSSVSPA\n\n>Rattus norvegicus (Brown rat)\nMNGTEGPNFYVPFSNITGVVRSPFEQPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIVLGFPINFLTLY\nVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLG\nGEIGLWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIP\nEGMQCSCGIDYYTLKPEVNNESFVIYMFVVHFTIPMIVIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQES\nATTQKAEKEVTRMVIIMVIFFLICWLPYASVAMYIFTHQGSNFGPIFMTLPAFFAKTASI\nYNPIIYIMMNKQFRNCMLTSLCCGKNPLGDDEASATASKTETSQVAPA\n\n>Delphinus delphis (Short-beaked common dolphin)\nMNGTEGLNFYVPFSNKTGVVRSPFEYPQYYLAEPWQFSVLAAYMFLLIVLGFPINFLTLY\nVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVANLFMVFGGFTTTLYTSLHAYFVFGPTGCNLEGFFATLG\nGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGLALTWIMAMACAAPPLVGWSRYIP\nEGMQCSCGIDYYTLSPEVNNESFVIYMFVVHFTIPLVIIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQES\nATTQKAEKEVTRMVIIMVVAFLICWVPYASVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPSFFAKSSSI\nYNPVIYIMMNKQFRNCMLTTLCCGRNPLGDDEASTTASKTETSQVAPA\n\n>Mesoplodon bidens (Sowerby's beaked whale)\nMNGTEGLNFYVPFSNHTGVVRSPFEYPQYYLAEPWQFSVLAAYMFLLIMLGFPINFLTLY\nVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVANLFMVLGGFTTTLYTSMHAYFIFGPTGCNLEGFFATLG\nGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGLALTWIMALACAAPPLVGWSRYIP\nEGMQCSCGVDYYTPSPEVNNESFVVYMFVVHFSIPMVIIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQES\nATTQKAEKEVTRMVVIMVVAFLICWVPYASVAFYIFTHQGSNFGPIFMTIPSFFAKSSAI\nYNPVIYIMMNKQFRNCMLTTLCCGRNPLGDDEVSTTASKTETSQVAPA\n\n>Phoca vitulina (Harbor seal)\nMNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEFPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIVLGFPINFLTLY\nVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLG\nGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVGFTWVMALACAAPPLVGWSRYIP\nEGMQCSCGIDYYTLKPEVNNESFVIYMFVVHFTIPMIVIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQES\nATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWVPYASVAFYIFTHQGSNFGPIFMTLPAFFAKAASI\nYNPVIYIMMNKQFRTCMITTLCCGKNPLGDDEVSASASKTETSQVAPA\n\n>Scyliorhinus canicula (Catshark)\nMNGTEGENFYIPMSNKTGVVRSPFDYPQYYLAEPWKFSVLAAYMFFLIIAGFPVNFLTLY\nVTIQHKKLRQPLNYILLNLAVADLFMIFGGFPSTMITSMNGYFVFGPSGCNFEGFFATLG\nGEIGLWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGSQHAFMGVGLTWIMAMACAFPPLVGWSRYIP\nEGMQCSCGIDYYTLKPEVNNESFVIYMFVVHFSIPLTIIFFCYGRLVCTVKEAAAQQQES\nETTQRAEREVTRMVIIMVIAFLICWLPYASVAFFIFCNQGSEFGPIFMTIPAFFAKAASL\nYNPLIYILMNKQFRNCMITTICCGKNPFEEEESTSASASKTEASSVSSSQVAPA\n\n>Carassius auratus (Goldfish)\nMNGTEGDMFYVPMSNATGIVRSPYDYPQYYLVAPWAYACLAAYMFFLIITGFPVNFLTLY\nVTIEHKKLRTPLNYILLNLAISDLFMVFGGFTTTMYTSLHGYFVFGRVGCNPEGFFATLG\nGEMGLWSLVVLAFERWMVVCKPVSNFRFGENHAIMGVVFTWFMACTCAVPPLVGWSRYIP\nEGMQCSCGVDYYTRPQAYNNESFVIYMFIVHFIIPLIVIFFCYGRLVCTVKEAAAQHEES\nETTQRAEREVTRMVVIMVIGFLICWIPYASVAWYIFTHQGSEFGPVFMTLPAFFAKTAAV\nYNPCIYICMNKQFRHCMITTLCCGKNPFEEEEGASTTASKTEASSVSSSSVSPA\n\n>Lithobates catesbeianus (American bullfrog)\nMNGTEGPNFYVPMSNKTGIVRSPFEYPQYYLAEPWKYSVLAAYMFLLILLGLPINFMTLY\nVTIQHKKLRTPLNYILLNLAFANHFMVLCGFTITMYTSLHGYFVFGQTGCYFEGFFATLG\nGEIALWSLVVLAIERYIVVCKPMSNFRFGENHAMMGVAFTWIMALACAVPPLFGWSRYIP\nEGMQCSCGVDYYTLKPEVNNESFVIYMFVVHFLIPLIIISFCYGRLVCTVKEAAAQQQES\nATTQKAEKEVTRMVVIMVIFFLICWVPYAYVAFYIFTHQGSEFGPIFMTVPAFFAKSSAI\nYNPVIYIMLNKQFRNCMITTLCCGKNPFGDEDASSAATSKTEATSVSTSQVSPA\n\n>Bufo bufo (Common toad)\nMNGTEGPNFYIPMSNKTGVVRSPFEYPQYYLAEPWQYSILCAYMFLLILLGFPINFMTLY\nVTIQHKKLRTPLNYILLNLAFANHFMVLCGFTVTMYSSMNGYFILGATGCYVEGFFATLG\nGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFSENHAVMGVAFTWIMALSCAVPPLLGWSRYIP\nEGMQCSCGVDYYTLKPEVNNESFVIYMFVVHFTIPLIIIFFCYGRLVCTVKEAAAQQQES\nATTQKAEKEVTRMVIIMVVFFLICWVPYASVAFFIFSNQGSEFGPIFMTVPAFFAKSSSI\nYNPVIYIMLNKQFRNCMITTLCCGKNPFGEDDASSAATSKTEASSVSSSQVSPA\n\n>Oryzias latipes (Japanese rice fish)\nMNGTEGPYFNVPMVNTTGIVRSPYEYPQYYLVSPAAYAALGAYMFFLILVGFPINFLTLY\nVTLEHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTMYTSMHGYFVLGRLGCNLEGFFATLG\nGEIGLWSLVVLAIERWVVVCKPISNFRFGENHAIMGLVFTWIMAASCAVPPLVGWSRYIP\nEGMQCSCGVDYYTRAEGFNNESFVVYMFVCHFLIPLIVVFFCYGRLLCAVKEAAAAQQES\nETTQRAEREVTRMVVIMVIGFLVCWLPYASVAWYIFTNQGSEFGPLFMTIPAFFAKSSSI\nYNPAIYICMNKQFRNCMITTLCCGKNPFEEEEGASTTASKTEASSVSSSSVSPA\n\n>Sardina pilchardus (Pilchard)\nMNGTEGPFFYIPMSNATGLVRSPYDYPQYYLVPPWGYACLAAYMFLLILTGFPVNFLTLY\nVTIEHKKLRSPLNYILLNLAVADLFMVIGGFTTTMWTSLNGYFVFGRMGCNIEGFFATLG\nGEIALWSLVVLSMERWIVVCKPISNFRFGENHAVMGVAFSWFMAAACAVPPLVGWSRYIP\nEGMQCSCGIDYYTRAEGFNNESFVIYMFVVHFTCPLTIITFCYGRLVCTVKEAAAQQQES\nETTQRAEREVTRMVIIMFVAFLACWVPYASVAWYIFTHQGSEFGPVFMTIPAFFAKSSAV\nYNPVIYICLNKQFRHCMITTLCCGKNPFEEEEGSTTASKTEASSVCSVSPA\n\n>Lacunicambarus ludovicianus (Painted devil crayfish)\nLHMIHLHWYQYPPMNPMMYPLLLVFMLITGILCLAGNFVTIWVFMNTKSLRTPANLLVVN\nLAMSDFLMMFTMFPPMMITCYYHTWTLGATFCEVYAFLGNLCGCASIWTMVFITFDRYNV\nIVKGVAGEPLSTKKASLWILTVWVLSFTWCVAPFFGWNRYVPEGNLTGCGTDYLSEDILS\nRSYLYIYSTWVYFLPLAITIYCYVFIIKAVAAHEKGMRDQAKKMGIKSLRNEEAQKTSAE\nCRLAKIAMTTVALWFIAWTPYLLINWVGMFARSYLSPVYTIWGYVFAKANAVYNPIVYAI\nS<\/code><\/pre>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-af77e21e-cc8e-41f0-aa74-7f112f133274\"><h2>Clustal Omega<\/h2>\n<p><strong>1.<\/strong> F\u00fcge alle Aminos\u00e4uresequenzen, einschlie\u00dflich der Gr\u00f6\u00dfer-als-Symbole und den Artnamen, in das Eingabefeld im unteren Fenster ein. (Alternativ kannst du auch <a href=\"https:\/\/drive.google.com\/file\/d\/1KDqNuCz0dGR0WpanujVZ0HUd2xMJz0B2\/view?usp=drive_link\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">diese FASTA-Datei<\/a> mit den Sequenzen von deinem Computer hochladen).<\/p>\n\n\n\n<p><strong>2.<\/strong> W\u00e4hle &#8220;ClustalW with character counts&#8221; als Ausgabeformat.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>3. <\/strong>\u00dcbermittle die Sequenzen zum Durchf\u00fchren des Alignments.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>4. <\/strong>Die verschiedenen Rhodopsin-Sequenzen sind nun in einem Alignment. Du kannst die Ergebnisse auf der Registerkarte &#8220;Alignment&#8221; einsehen und zur besseren Visualisierung auf &#8220;Show Colors&#8221; klicken.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>5.<\/strong> Lade die Aminos\u00e4uresequenzen nach dem Alignment herunter oder kopiere sie f\u00fcr die n\u00e4chste Aufgabe (einschlie\u00dflich &#8220;CLUSTAL O(1.2.4) multiple sequence alignment&#8221;).<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Hinweis: <\/strong>Die Ausgabe von multiplen Sequenzalignments enth\u00e4lt auch eine zus\u00e4tzliche Zeile unterhalb der letzten Sequenz, die Auskunft dar\u00fcber gibt, wie konserviert eine bestimmte Aminos\u00e4ure ist. Dies ist folgenderma\u00dfen zu interpretieren:<br>&#8211; Sternchen (<strong>*<\/strong>): vollst\u00e4ndig konservierte Aminos\u00e4ure (identisch in allen Sequenzen)<br>&#8211; Doppelpunkt (<strong>:<\/strong>): stark konservierte Aminos\u00e4ure&nbsp;<br>&#8211; Punkt (<strong>.<\/strong>): schwach konservierte Aminos\u00e4ure &nbsp;<br>&#8211; Leer (): nicht konservierte Aminos\u00e4ure<\/p>\n\n\n\n<div class=\"vf-embed vf-embed--16x9 | vf-u-margin__bottom--400\"\n>\n<iframe src=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/clustalo\/\" frameborder=\"0\" controls allowfullscreen><\/iframe><\/div>\n\n\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-d24452c0-50ca-4416-b035-2e5f70dc37dd\"><h2>Fragen<\/h2>\n<p><strong>1.<\/strong> Was kannst du aus dem Alignment ableiten? Gibt es bemerkenswerte Unterschiede in der L\u00e4nge der einzelnen Sequenzen?<br><strong>2. <\/strong>Welche Art besitzt die l\u00e4ngste Rhodopsin-Aminos\u00e4uresequenz?<br><strong>3.<\/strong> Gibt es konservierte Aminos\u00e4uren oder Teile der Sequenzen, die bei allen Arten vorhanden sind? Gibt es Teile, die nur bei einer oder wenigen Arten vorkommen?<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-059237fe-aeba-4999-ba07-b99de87ae8bf\"><h2>Aktivit\u00e4ten-Navigation<\/h2>\n<p>\u25cf <a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/?lang=de\" target=\"_blank\">Einleitung<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-1-from-dna-to-protein-sequence\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">\u25cf Teil 1: Von der DNA zur Proteinsequenz<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-2-protein-identity-and-function\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">\u25cf Teil 2: Identit\u00e4t und Funktion von Proteinen<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-3-multiple-sequence-alignment\/?lang=de\" target=\"_blank\"><strong>\u25cf Teil 3: Multiples Sequenzalignment<\/strong><\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-4-phylogenetic-analysis\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">\u25cf Teil 4: Phylogenetische Analyse<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-5-structural-analysis\/?lang=de\" target=\"_blank\">\u25cf Teil 5: Strukturelle Analyse<\/a><\/p>\n<\/section>\n<\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"featured_media":36183,"parent":36401,"menu_order":3,"template":"","class_list":["post-36423","teachingbase","type-teachingbase","status-publish","has-post-thumbnail","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/36423","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/types\/teachingbase"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/36401"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media\/36183"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=36423"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}