{"id":36411,"date":"2023-07-06T09:47:45","date_gmt":"2023-07-06T09:47:45","guid":{"rendered":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-2-protein-identity-and-function\/"},"modified":"2023-07-14T06:51:32","modified_gmt":"2023-07-14T06:51:32","slug":"part-2-protein-identity-and-function","status":"publish","type":"teachingbase","link":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-2-protein-identity-and-function\/?lang=de","title":{"rendered":"Teil 2: Identit\u00e4t und Funktion von Proteinen"},"content":{"rendered":"\n<div class=\"vf-tabs\"><ul class=\"vf-tabs__list\" data-vf-js-tabs=\"true\"><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-7fc4a83d-e02f-4bc0-8117-bbbbe441f2b7\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">\u00dcbersicht<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-732a7d99-5ec6-431c-a9e1-57d438fdbdd7\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Deine Aufgabe<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-ede0b568-9629-4e21-9663-b247fb35ce0a\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">NCBI BLAST+<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-f6208752-65b3-4199-b766-973661fa17e3\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Fragen<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-0b0b36d1-ef81-4252-aa55-783c52d7a708\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Aktivit\u00e4ten-Navigation<\/a><\/li><\/ul><div class=\"vf-tabs-content\" data-vf-js-tabs-content=\"true\">\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-7fc4a83d-e02f-4bc0-8117-bbbbe441f2b7\"><h2>\u00dcbersicht<\/h2>\n<p>In Teil 1 haben wir die unbekannte DNA-Sequenz erfolgreich in eine Aminos\u00e4uresequenz \u00fcbersetzt. Unsere Expedition, um die Geheimnisse dieses unbekannten Proteins zu entschl\u00fcsseln, hat jedoch gerade erst begonnen. Zum jetzigen Zeitpunkt wissen wir noch nichts \u00fcber die Funktion des Proteins. Um weitere Erkenntnisse zu gewinnen, werden wir eine umfassende Datenbank mit bekannten Proteinsequenzen durchsuchen, um \u00e4hnliche Sequenzen zu finden, die Aufschluss \u00fcber die Funktion des Proteins geben k\u00f6nnten.<\/p>\n\n\n\n<p>Wir werden die Bioinformatik-Methode NCBI BLAST+ verwenden, um uns bei diesem Prozess zu unterst\u00fctzen. NCBI BLAST+ erm\u00f6glicht es, Aminos\u00e4uresequenzen zu identifizieren und zu vergleichen. Hier werden wir es verwenden, um bekannte Sequenzen zu identifizieren, die unserer unbekannten Sequenz \u00e4hnlich sind.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-732a7d99-5ec6-431c-a9e1-57d438fdbdd7\"><h2>Deine Aufgabe<\/h2>\n<p><strong>Bitte befolge die unten aufgef\u00fchrten Schritte:<br>1. <\/strong>Kopiere die Aminos\u00e4uresequenz, die du k\u00fcrzlich \u00fcbersetzt hast. Du findest sie in der vorangegangenen Aufgabe oder kannst sie \u00fcber den angegebenen <a href=\"https:\/\/drive.google.com\/file\/d\/1M-65TwCxZ_DPRwjGs9hHMjhUjA2lJwPz\/view?usp=sharing\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">Link hier<\/a> herunterladen. Verwende einen Texteditor (z.B. TextEdit und Notepad), um FASTA-Dateien zu \u00f6ffnen.<br><strong>2.<\/strong> Gehe auf die Registerkarte &#8220;NCBI BLAST+&#8221; und befolge die Anweisungen, um mit der NCBI BLAST+ Methode nach der Identit\u00e4t des Proteins zu suchen. &nbsp;<br><strong>3.<\/strong> Versuche, die Fragen auf der Registerkarte &#8220;Fragen&#8221; zu beantworten.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-ede0b568-9629-4e21-9663-b247fb35ce0a\"><h2>NCBI BLAST+<\/h2>\n<p><strong>1. <\/strong>Greife auf die NCBI BLAST-Methode im untenstehenden Fenster zu.<br><strong>2. <\/strong>Vergewissere dich in \u201aSTEP 1\u2018, dass die Datenbank &#8220;UniProtKB\/Swiss-Prot&#8221; ausgew\u00e4hlt ist.\u00a0<br><strong>3. <\/strong>F\u00fcge in \u201aSTEP 2\u2018 die Aminos\u00e4uresequenz in das Abfragefeld ein.<br><strong>4.<\/strong> Vergewissere dich in \u201aSTEP 3\u2018, dass das Programm &#8220;blastp&#8221; ausgew\u00e4hlt ist. \u00a0 \u00a0 \u00a0<br><strong>5.<\/strong> F\u00fchre die Methode aus, indem du auf &#8220;Submit&#8221; klickst.<br><strong>6.<\/strong> Pr\u00fcfe die Datentabelle (&#8220;Summary Table&#8221;) und versuche, die mit der Aufgabe verbundenen Fragen zu beantworten.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Hinweis: <\/strong>In der \u00dcbersichtstabelle werden Sequenzen aus der Datenbank angezeigt, die nach ihrer \u00c4hnlichkeit mit der eingef\u00fcgten Sequenz aufgelistet sind. Die \u00e4hnlichste Sequenz, auch bekannt als bester Treffer, wird am Anfang der Liste angezeigt.<\/p>\n\n\n\n<div class=\"vf-embed vf-embed--16x9 | vf-u-margin__bottom--400\"\n>\n<iframe src=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/sss\/ncbiblast\/\" frameborder=\"0\" controls allowfullscreen><\/iframe><\/div>\n\n\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-f6208752-65b3-4199-b766-973661fa17e3\"><h2>Fragen<\/h2>\n<p><strong>1. <\/strong>Welches Protein ist der beste Treffer in der Proteindatenbank und von welcher Art stammt es?<br><strong>2.<\/strong> Wie hoch ist der Prozentsatz der Identit\u00e4t zwischen dem unbekannten Protein und dem besten Treffer?&nbsp;<br><strong>3.<\/strong> Welche biologische Funktion ist f\u00fcr den besten Treffer bekannt? Um diese Informationen zu erhalten, klicke mit der rechten Maustaste auf die zweite Spalte der Ergebnistabelle (DB:ID) und \u00f6ffne den Link in einer neuen Registerkarte.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-0b0b36d1-ef81-4252-aa55-783c52d7a708\"><h2>Aktivit\u00e4ten-Navigation<\/h2>\n<p>\u25cf <a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/?lang=de\" target=\"_blank\">Einleitung<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-1-from-dna-to-protein-sequence\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">\u25cf Teil 1: Von der DNA zur Proteinsequenz<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-2-protein-identity-and-function\/?lang=de\" target=\"_blank\"><strong>\u25cf Teil 2: Identit\u00e4t und Funktion von Proteinen<\/strong><\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-3-multiple-sequence-alignment\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">\u25cf Teil 3: Multiples Sequenzalignment<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-4-phylogenetic-analysis\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">\u25cf Teil 4: Phylogenetische Analyse<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-5-structural-analysis\/?lang=de\" target=\"_blank\">\u25cf Teil 5: Strukturelle Analyse<\/a><\/p>\n<\/section>\n<\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"featured_media":36201,"parent":36401,"menu_order":-2,"template":"","class_list":["post-36411","teachingbase","type-teachingbase","status-publish","has-post-thumbnail","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/36411","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/types\/teachingbase"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/36401"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media\/36201"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=36411"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}