{"id":36409,"date":"2023-07-06T09:46:44","date_gmt":"2023-07-06T09:46:44","guid":{"rendered":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-1-from-dna-to-protein-sequence\/"},"modified":"2023-07-12T19:12:15","modified_gmt":"2023-07-12T19:12:15","slug":"part-1-from-dna-to-protein-sequence","status":"publish","type":"teachingbase","link":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-1-from-dna-to-protein-sequence\/?lang=de","title":{"rendered":"Teil 1: Von der DNA zur Proteinsequenz"},"content":{"rendered":"\n<div class=\"vf-tabs\"><ul class=\"vf-tabs__list\" data-vf-js-tabs=\"true\"><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-2129e4bc-4dbb-4088-888a-7bd1e045f1af\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">\u00dcbersicht<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-a9142171-26ff-4311-afb3-62d9d220f38f\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Deine Aufgabe<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-660723b7-6020-4cbc-91c5-196e645a4341\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Sequenz<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-9f99344e-ee89-486f-89f7-aebe7d287e9c\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">EMBOSS Transeq<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-e8c6c6fe-71a4-4aa0-942c-8b86bc87a5c7\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Frage<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-58cd64e9-ed27-45d8-8406-341f94a64590\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Aktivit\u00e4ten-Navigation<\/a><\/li><\/ul><div class=\"vf-tabs-content\" data-vf-js-tabs-content=\"true\">\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-2129e4bc-4dbb-4088-888a-7bd1e045f1af\"><h2>\u00dcbersicht<\/h2>\n<p>Wir haben gerade eine E-Mail von den TREC-Forscher*innen erhalten, die die DNA-Sequenz enth\u00e4lt. Um zu verstehen, f\u00fcr welches Protein diese Sequenz kodiert, m\u00fcssen wir die DNA-Sequenz zun\u00e4chst in eine Aminos\u00e4uresequenz umwandeln, die auch als Prim\u00e4rstruktur des Proteins bekannt ist.<\/p>\n\n\n\n<p>Wir werden die Bioinformatik-Methode EMBOSS Transeq verwenden, um uns bei diesem Prozess zu unterst\u00fctzen. EMBOSS Transeq erm\u00f6glicht es uns, die biologischen Prozesse Transkription (DNA zu RNA) und Translation (RNA zu Protein) zusammenzuf\u00fchren und eine Aminos\u00e4uresequenz direkt aus der DNA-Sequenz zu erstellen.&nbsp;<\/p>\n\n\n\n<p>Beginne die Aktivit\u00e4t, indem du die Anweisungen auf der Registerkarte &#8220;Deine Aufgabe&#8221; befolgst und versuchst, die begleitenden Fragen zu beantworten.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-a9142171-26ff-4311-afb3-62d9d220f38f\"><h2>Deine Aufgabe<\/h2>\n<p><strong>Bitte befolge die unten aufgef\u00fchrten Schritte:<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p><strong>1. <\/strong>Auf der Registerkarte &#8220;Sequenz&#8221; findest du die unbekannte DNA-Sequenz mit der Bezeichnung &#8220;Unbekannte DNA&#8221;.<br><strong>2.<\/strong> Kopiere die Sequenz und gehe zur Registerkarte &#8220;EMBOSS Transeq&#8221;, wo du Anweisungen findest, wie du die Aminos\u00e4uresequenz des unbekannten Proteins mit der EMBOSS Transeq-Methode identifizieren kannst.<br><strong>3.<\/strong> Versuche, die Fragen auf der Registerkarte &#8220;Fragen&#8221; zu beantworten.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-660723b7-6020-4cbc-91c5-196e645a4341\"><h2>Sequenz<\/h2>\n<p>Unbekannte DNA:<\/p>\n\n\n\n<pre class=\"wp-block-code vf-u-text--break\"><code>\n>New species (Unknown) \nATGAACGGCACCGAGGGCCCCTTCGGCTACATCCCCATGAGCAACGCCACCGGCCTGGTG\nAGGAGCCCCTACGACTACCCCCAGTACTACCTGGTGCCCCCCTGGGGCTACGCCTGCCTG\nGCCGCCTACATGTTCCTGCTGATCCTGACCGGCTTCCCCGTGAACTTCCTGACCCTGTAC\nGTGACCATCGAGCACAAGAAGCTGAGGAGCCCCCTGAACTACATCCTGCTGAACCTGGCC\nGTGGCCGACCTGTTCATGGTGATCGGCGGCTTCACCACCACCATGTGGACCAGCCTGGAC\nGGCTACTTCGTGTTCGGCAGGATGGGCTGCAACATCGAGGGCTTCTTCGCCACCCTGGGC\nGGCGAGATCGCCCTGTGGAGCCTGGTGGTGCTGAGCATGGAGAGGTGGATCGTGGTGTGC\nAAGCCCATCAGCAACTTCAGGTTCGGCGAGAACCACGCCGTGATGGGCGTGGCCTTCAGC\nTGGTTCATGGCCGCCGCCTGCGCCGTGCCCCCCCTGGTGGGCTGGAGCAGGTACATCCCC\nGAGGGCATGCAGTGCAGCTGCGGCATCGACTACTACACCAGGGCCGAGGGCTTCAACAAC\nGAGAGCTTCGTGATCTACATGTTCGTGGTGTTCTTCACCTGCCCCCTGACCATCATCACC\nTTCTGCTACGGCAGGCTGGTGTGCACCGTGAAGGAGGCCGCCGCCCAGCAGCAGGAGAGC\nGAGACCACCCAGAGGGCCGAGAGGGAGGTGACCAGGATGGTGATCATCACCTTCGTGGCC\nTTCCTGGCCTGCTGGGTGCCCTACGCCAGCGTGGCCTGGTACATCTTCACCCACCAGGGC\nAGCGAGTTCGGCCCCGTGTTCATGACCATCCCCGCCTTCTTCGCCAAGAGCAGCGCCGTG\nTACAACCCCGTGATCTACATCTGCCTGAACAAGCAGTTCAGGCACTGCATGATCACCACC\nCTGTGCTGCGGCAAGAACCCCTTCGAGGAGGAGGAGGGCAGCACCACCGCCAGCAAGACC\nGAGGCCAGCAGCGTGTGCAGCGTGAGCCCCCACGCC\n<\/code><\/pre>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-9f99344e-ee89-486f-89f7-aebe7d287e9c\"><h2>EMBOSS Transeq<\/h2>\n<p><strong>1. <\/strong>Rufe die EMBOSS Transeq-Methode im untenstehenden Fenster<br>auf.<br><strong>2.<\/strong> F\u00fcge die DNA-Sequenz (einschlie\u00dflich des Gr\u00f6\u00dfer-als-Symbols (>) und des Sequenznamens) in das Abfragefeld ein (STEP 1). Stelle sicher, dass im Feld &#8220;Parameters&#8221; (STEP 2) &#8220;frame=1&#8221; und &#8220;Codon table=Standard codon&#8221; ausgew\u00e4hlt ist. Sende dann deine Anfrage ab, indem du auf &#8220;Submit&#8221; klickst.\u00a0<br><strong>3.<\/strong> Sieh dir die angezeigte Datentabelle an und versuche, die mit der Aufgabe verbundenen Fragen zu beantworten. F\u00fcr eine bessere Visualisierung kannst du auf &#8220;Show Colors&#8221; klicken.<br><strong>4.<\/strong> Speichere oder kopiere die Aminos\u00e4uresequenz f\u00fcr die n\u00e4chste Aufgabe.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Hinweis: <\/strong>Die in den Ergebnissen verwendeten Farben entsprechen den spezifischen chemischen Eigenschaften der Aminos\u00e4uren. Die Aminos\u00e4uren werden in Klammern als Ein-Buchstaben-Code angezeigt:<br> &#8211; Kleine + hydrophobe Aminos\u00e4uren (<span style=\"color:red\">AVFPMILW<\/span>): <span style=\"color:red\">Rot<\/span>\u00a0<br> &#8211; Saure Aminos\u00e4uren (<span style=\"color:blue\">DE<\/span>): <span style=\"color:blue\">Blau<\/span><br> &#8211; Basische Aminos\u00e4uren (<span style=\"color: rgb(255,0,255);\">RK<\/span>): <span style=\"color: rgb(255,0,255);\">Magenta<\/span><br> &#8211; Aminos\u00e4uren mit Hydroxyl-, Sulfhydryl- oder Amingruppen + Glycine (<span style=\"color:green\">STYHCNGQ<\/span>): <span style=\"color:green\">Gr\u00fcn<\/span><\/p>\n\n\n\n<div class=\"vf-embed vf-embed--16x9 | vf-u-margin__bottom--400\"\n>\n<iframe src=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/st\/emboss_transeq\/\" frameborder=\"0\" controls allowfullscreen><\/iframe><\/div>\n\n\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-e8c6c6fe-71a4-4aa0-942c-8b86bc87a5c7\"><h2>Frage<\/h2>\n<p>Welche Arten von Aminos\u00e4uren sind in der Proteinsequenz am h\u00e4ufigsten vertreten?<\/p>\n\n\n\n<p>Du kannst auf &#8220;Show Colors&#8221; klicken, um Informationen \u00fcber die chemischen Eigenschaften der einzelnen Aminos\u00e4uren zu erhalten.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-58cd64e9-ed27-45d8-8406-341f94a64590\"><h2>Aktivit\u00e4ten-Navigation<\/h2>\n<p>\u25cf <a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/?lang=de\" target=\"_blank\">Einleitung<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-1-from-dna-to-protein-sequence\/?lang=de\" target=\"_blank\"><strong>\u25cf Teil 1: Von der DNA zur Proteinsequenz<\/strong><\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-2-protein-identity-and-function\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">\u25cf Teil 2: Identit\u00e4t und Funktion von Proteinen<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-3-multiple-sequence-alignment\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">\u25cf Teil 3: Multiples Sequenzalignment<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-4-phylogenetic-analysis\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">\u25cf Teil 4: Phylogenetische Analyse<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-5-structural-analysis\/?lang=de\" target=\"_blank\">\u25cf Teil 5: Strukturelle Analyse<\/a><\/p>\n<\/section>\n<\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"featured_media":36165,"parent":36401,"menu_order":1,"template":"","class_list":["post-36409","teachingbase","type-teachingbase","status-publish","has-post-thumbnail","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/36409","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/types\/teachingbase"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/36401"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media\/36165"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=36409"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}