{"id":36401,"date":"2023-07-06T07:43:02","date_gmt":"2023-07-06T07:43:02","guid":{"rendered":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/"},"modified":"2023-07-12T19:11:32","modified_gmt":"2023-07-12T19:11:32","slug":"the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition","status":"publish","type":"teachingbase","link":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/?lang=de","title":{"rendered":"Das r\u00e4tselhafte Protein: Eine Bioinformatik-Expedition"},"content":{"rendered":"\n<div class=\"vf-tabs\"><ul class=\"vf-tabs__list\" data-vf-js-tabs=\"true\"><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-e0945ecb-2e21-4f4f-a453-a5318f1c1c86\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">\u00dcbersicht<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-a513b31d-e1e4-4c5d-a400-7c34f5d3d918\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Deine Aufgabe<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-597eb4a0-c9b0-4748-9357-7246221dad3e\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Bioinformatische Methoden<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-fa3a90a3-2ec9-497d-af2d-1be379559913\" data-vf-js-location-nearest-activation-target=\"\">Aktivit\u00e4ten-Navigation<\/a><\/li><\/ul><div class=\"vf-tabs-content\" data-vf-js-tabs-content=\"true\">\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-e0945ecb-2e21-4f4f-a453-a5318f1c1c86\"><h2>\u00dcbersicht<\/h2>\n<p>Gemeinsam werden wir in die faszinierende Welt der Bioinformatik eintauchen, um die Geheimnisse von Proteinen zu entschl\u00fcsseln, einem der grundlegenden Bausteine der Molekularbiologie. Anhand einer Reihe von interaktiven \u00dcbungen werden wir untersuchen, wie Proteine hergestellt werden, wie sie aussehen und wie sie sich \u00fcber die verschiedenen Arten hinweg entwickelt haben. Begleite uns auf diesem fiktiven wissenschaftlichen Abenteuer, das mit realen Forschungsaktivit\u00e4ten am EMBL verwoben ist, und gewinne dabei Einblicke in moderne Forschungsmethoden.<\/p>\n\n\n\n<p>Ziel dieser Aktivit\u00e4t ist es, unser Verst\u00e4ndnis von Proteinen und ihrer Evolution zu vertiefen und gleichzeitig wertvolle Einblicke in die praktischen Anwendungen der Bioinformatik in der wissenschaftlichen Forschung zu geben.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-a513b31d-e1e4-4c5d-a400-7c34f5d3d918\"><h2>Deine Aufgabe<\/h2>\n<p>W\u00e4hrend der<a href=\"https:\/\/www.embl.org\/about\/info\/trec\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\"> TREC-Expedition<\/a> (Traversing European Coastlines) sammeln Forscher*innen zahlreiche biologische Proben von der europ\u00e4ischen K\u00fcste, um diese \u00d6kosysteme zu untersuchen. Diese Proben werden aus dem Boden, Sedimenten, Aerosol, Flachwasser und dem Meer gewonnen und mit wissenschaftlichen Techniken wie Mikroskopie oder DNA-Sequenzierung sorgf\u00e4ltig analysiert.<\/p>\n\n\n\n<p>K\u00fcrzlich stie\u00df das TREC-Team auf eine verbl\u00fcffende Entdeckung in einer ihrer Proben aus dem flachen Wasser &#8211; eine DNA-Sequenz, die mit keiner bekannten Sequenz \u00fcbereinstimmt. Die Forscher*innen sind von diesem Fund fasziniert und haben eine Aufgabe f\u00fcr dich: Kannst du ihnen helfen, das von dieser Sequenz kodierte Protein zu identifizieren und die biologische Funktion des Proteins zu entschl\u00fcsseln? Kannst du au\u00dferdem dabei helfen, die Spezies zu identifizieren, von der die Sequenz stammt und die evolution\u00e4ren Beziehungen zu anderen Organismen zu erforschen?<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-597eb4a0-c9b0-4748-9357-7246221dad3e\"><h2>Bioinformatische Methoden<\/h2>\n<p>Die meisten der Methoden, die wir im Rahmen dieser Aktivit\u00e4t einsetzen werden, wurden vom EMBL-EBI entwickelt und Wissenschaftler*innen in aller Welt <strong>kostenlos <\/strong>zur Verf\u00fcgung gestellt.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>EMBOSS Transeq<\/strong><br>Link:<a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/st\/emboss_transeq\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\"> https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/st\/emboss_transeq\/<\/a><br>Eine Methode zur \u00dcbersetzung von Nukleins\u00e4uresequenzen (DNA oder RNA) in ihre entsprechenden Aminos\u00e4uresequenzen.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>NCBI BLAST+ (Basic Local Alignment Search Tool)<\/strong><br>Link:<a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/sss\/ncbiblast\/%0b\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\"> http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/sss\/ncbiblast\/<\/a>&nbsp; &nbsp;<br>Eine Methode zur Identifizierung und zum Vergleich biologischer Sequenzinformationen, wie z. B. Aminos\u00e4uresequenzen. Es erm\u00f6glicht Forscher*innen ein bestimmtes Protein mit einer Datenbank von Sequenzen zu vergleichen. Dies erm\u00f6glicht die Identifizierung unbekannter Proteine.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Clustal Omega<\/strong><br>Link:<a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/clustalo\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\"><strong> <\/strong>https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/clustalo\/<\/a>&nbsp; &nbsp;<br>Eine Methode f\u00fcr das Alignment und den Vergleich mehrerer Sequenzen, die speziell f\u00fcr Aminos\u00e4uresequenzen geeignet ist.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Simple Phylogeny<\/strong><br>Link<strong>:<\/strong><a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/phylogeny\/simple_phylogeny\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\"> https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/phylogeny\/simple_phylogeny\/<\/a>&nbsp;&nbsp;<br>Eine Methode zur Durchf\u00fchrung grundlegender phylogenetischer Analysen an einem multiplen Sequenzalignment.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>UniProt-Datenbank (Universal Protein Resource)<\/strong><br>Link:<a href=\"http:\/\/www.uniprot.org\/%09%0b\"> <\/a><a href=\"http:\/\/www.uniprot.org\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">http:\/\/www.uniprot.org\/<\/a><br>Ein umfassender Katalog von Proteininformationen, einschlie\u00dflich Proteinsequenzen und deren Funktionen.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>AlphaFold Datenbank<\/strong><br>Link:<a href=\"https:\/\/alphafold.ebi.ac.uk\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\"> https:\/\/alphafold.ebi.ac.uk\/<\/a>&nbsp;<br>Eine Datenbank f\u00fcr Proteinstrukturvorhersagen. AlphaFold ist ein k\u00fcnstliches Intelligenz (KI) System, das die 3D-Struktur eines Proteins auf der Grundlage seiner Aminos\u00e4uresequenz vorhersagen kann. Die AlphaFold-Datenbank ist auch in die UniProt-Datenbank integriert.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Hinweis: <\/strong>Die Methoden ben\u00f6tigen einige Zeit f\u00fcr die Berechnungen. Daher kann ein wenig Geduld erforderlich sein.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-fa3a90a3-2ec9-497d-af2d-1be379559913\"><h2>Aktivit\u00e4ten-Navigation<\/h2>\n<p>\u25cf <a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\"><strong>Einleitung<\/strong><\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-1-from-dna-to-protein-sequence\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">\u25cf Teil 1: Von der DNA zur Proteinsequenz<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-2-protein-identity-and-function\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">\u25cf Teil 2: Identit\u00e4t und Funktion von Proteinen<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-3-multiple-sequence-alignment\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">\u25cf Teil 3: Multiples Sequenzalignment<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-4-phylogenetic-analysis\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">\u25cf Teil 4: Phylogenetische Analyse<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/the-mysterious-protein-a-bioinformatics-expedition\/part-5-structural-analysis\/?lang=de\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">\u25cf Teil 5: Strukturelle Analyse<\/a><\/p>\n<\/section>\n<\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>A bioinformatics resource to teach protein structure and species evolution<\/p>\n","protected":false},"featured_media":36267,"parent":0,"menu_order":0,"template":"","class_list":["post-36401","teachingbase","type-teachingbase","status-publish","has-post-thumbnail","hentry","age-group-16-19","topic-area-biochemistry","topic-area-bioinformatics","topic-area-evolutionary-biology","topic-area-structural-computational-biology"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/36401","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/types\/teachingbase"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media\/36267"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=36401"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}