{"id":29222,"date":"2015-10-05T20:01:59","date_gmt":"2015-10-05T18:01:59","guid":{"rendered":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-4-comparison-of-amino-acid-sequences\/"},"modified":"2021-06-17T18:01:03","modified_gmt":"2021-06-17T18:01:03","slug":"step-4-comparison-of-amino-acid-sequences","status":"publish","type":"teachingbase","link":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-4-comparison-of-amino-acid-sequences\/?lang=it","title":{"rendered":"Step 4: Confronto di sequenze aminoacidiche"},"content":{"rendered":"\n<div class=\"vf-tabs\"><ul class=\"vf-tabs__list\" data-vf-js-tabs=\"true\"><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-06938b10-94be-46c6-be96-2fffd279c159\">Descrizione <\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-2fac254a-2585-4186-8ace-c0df0f2f3705\">Il tuo compito<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-d194c45f-37fc-4601-8ab3-de9b4974a4a3\">MUSCLE<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-1285552d-049a-4c11-bd79-cfaa40a8f7a7\">Amino acid sequences<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-7eb8e73c-ae74-4cfe-822f-3c7775beeee2\">Domande<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-f9fcf67e-c0d4-45cc-b8bc-959d4ee50b10\">Liste attivita<\/a><\/li><\/ul><div class=\"vf-tabs-content\" data-vf-js-tabs-content=\"true\">\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-06938b10-94be-46c6-be96-2fffd279c159\"><h2>Descrizione <\/h2>\n<p>In questa parte dell&#8217;attivit\u00e0, inseriremo due delle sequenze proteiche ottenute nella fase precedente nello strumento di allineamento EMBL-EBI MUSCLE per individuare le somiglianze tra queste due proteine fluorescenti. Un allineamento basato sulle sequenze aminoacidiche d\u00e0 informazioni pi\u00f9 attendibili rispetto alle sequenze nucleotidiche. L&#8217;allineamento consente di visualizzare addizioni, delezioni o scambi all&#8217;interno delle seuqnze aminoacidiche. Ci consente inoltre di individuare residui aminoacidici o sequenze che sono state fortemente conservate nel corso dell&#8217;evoluzione.<\/p>\n\n\n\n<p>Dopo aver portato a termine questo compito, avrete prodotto un allineamento di sequenze multiple a livello di proteina e sarete in grado di stimare approssimativamente dove e quali sono le differenze tra le due sequenze.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-2fac254a-2585-4186-8ace-c0df0f2f3705\"><h2>Il tuo compito<\/h2>\n<ol class=\"wp-block-list\"><li>Copiate tutte le sequenze aminoacidiche fornite nella tabulazione &#8220;Amino acid sequences&#8221; (cio\u00e8 selezionate e copiate l&#8217;intero blocco di sequenza) (comando Ctrl. + C).<\/li><li>Incollate le sequenze aminoacidiche nel box di ricerca MUSCLE (comandot Ctrl. + V).<\/li><li>Seguite le istruzioni nella tabulazione &#8220;MUSCLE&#8221; per allineare le vostre sequenze.<\/li><li>Osservate l&#8217;allineamento e cercate di rispondere alle domande.<\/li><\/ol>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-d194c45f-37fc-4601-8ab3-de9b4974a4a3\"><h2>MUSCLE<\/h2>\n<ol class=\"wp-block-list\"><li>Copiate tutte le sequenze aminoacidiche fornite nella tabulazione &#8220;Amino acid sequences&#8221; (cio\u00e8 selezionate e copiate l&#8217;intero blocco di sequenza) (comando Ctrl. + C).<\/li><li>Incollate le sequenze aminoacidiche nel box di ricerca MUSCLE (comandot Ctrl. + V).<\/li><li>Nella sezione &#8220;STEP 2&#8243; assicuratevi che&#8221;<strong>Output Format<\/strong>&#8221; sia su <strong>&#8220;ClustalW&#8221;<\/strong>.<\/li><li>Cliccate sul bottone <strong>&#8220;Submit<\/strong>&#8221; e il vostro allineamento sar\u00e0 processato.<\/li><li>Il risultato apparir\u00e0 dopo pochi secondi.<\/li><li>Osservate l&#8217;allineamento e cercate di rispondere alle domande nella tabulazione &#8220;Questions&#8221;.<\/li><\/ol>\n\n\n<div\n  class=\"vf-embed vf-embed--custom-ratio\"\n\n  style=\"--vf-embed-max-width: 100%;\n    --vf-embed-custom-ratio-x: 640;\n    --vf-embed-custom-ratio-y: 360;\"\n><iframe loading=\"lazy\" width=\"640\" height=\"360\" src=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/muscle\/\" frameborder=\"0\" allow=\"accelerometer; autoplay; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture\" allowfullscreen><\/iframe><\/div>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-1285552d-049a-4c11-bd79-cfaa40a8f7a7\"><h2>Amino acid sequences<\/h2>\n<details  class=\"vf-details\" id=\"\"  >\n<summary class=\"vf-details--summary\">\nProtein sequence 1<\/summary>\n<div class=\"acf-innerblocks-container\">\n\n<pre class=\"wp-block-preformatted\"><span style=\"word-break:break-all\"<\/span>&gt;Protein_Sequence1_AVGFP_1\nMSKGEELFTGVVPVLVELDGDVNGQKFSVSGEGEGDATYGKLTLNFICTTGKLPVPWPTLVTTFSYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFYKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKMEYNYNSHNVYIMGDKPKNGIKVNFKIRHNIKDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMILLEFVTAARITHGMDELYK<\/pre>\n\n<\/div>\n<\/details>\n\n\n\n<details  class=\"vf-details\" id=\"\"  >\n<summary class=\"vf-details--summary\">\nProtein sequence 2<\/summary>\n<div class=\"acf-innerblocks-container\">\n\n<pre class=\"wp-block-preformatted\"><span style=\"word-break:break-all\"<\/span>&gt;Protein_Sequence2_GFPm_1\nMSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTFGYGVQCFARYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITHGMDELYK<\/pre>\n\n<\/div>\n<\/details>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-7eb8e73c-ae74-4cfe-822f-3c7775beeee2\"><h2>Domande<\/h2>\n<p>Osservate l&#8217;allineamento e cercate di rispondere alle domande seguenti:<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li>Come possiamo sapere se i residui aminoacidici delle singole sequenze sono uguali o diversi rispetto a quelli delle altre sequenze allineate?<\/li><li>Pensate che ci siano molti aminoacidi che si corrispondono? Ci sono pi\u00f9 somiglianze rispetto ai relativi allineamenti nucleotidici?<\/li><li>Quali pensate possano essere i motivi di questi cambiamenti?<\/li><\/ul>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-f9fcf67e-c0d4-45cc-b8bc-959d4ee50b10\"><h2>Liste attivita<\/h2>\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/?lang=it\">Caccia al tesoro GFP<\/a><\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/gfp-treasure-hunt-introduction\/?lang=it\">Caccia al tesoro GFP \u2013 Introduzione<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-1-database-search\/?lang=it\">Step 1: Ricerca nel database<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-2-comparison-of-nucleotide-sequences\/?lang=it\">Step 2: Confronto di sequenze nucleotidiche<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-3-translation-of-mrnas\/?lang=it\">Step 3: Traduzione degli mRNA<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-4-comparison-of-amino-acid-sequences\/?lang=it\">Step 4: Confronto di sequenze aminoacidiche<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-5-structure-of-gfp\/?lang=it\"><strong>Step 5: Struttura della GFP<\/strong><\/a><\/li><\/ul>\n<\/section>\n<\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"featured_media":28461,"parent":28290,"menu_order":2,"template":"","class_list":["post-29222","teachingbase","type-teachingbase","status-publish","has-post-thumbnail","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/29222","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/types\/teachingbase"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/28290"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media\/28461"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=29222"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}