{"id":29220,"date":"2015-10-05T20:01:59","date_gmt":"2015-10-05T18:01:59","guid":{"rendered":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-4-comparison-of-amino-acid-sequences\/"},"modified":"2021-06-18T04:00:26","modified_gmt":"2021-06-18T04:00:26","slug":"step-4-comparison-of-amino-acid-sequences","status":"publish","type":"teachingbase","link":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-4-comparison-of-amino-acid-sequences\/?lang=fr","title":{"rendered":"\u00c9tape 4 : Comparaison des s\u00e9quences d\u2019acides amin\u00e9s"},"content":{"rendered":"\n<div class=\"vf-tabs\"><ul class=\"vf-tabs__list\" data-vf-js-tabs=\"true\"><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-06938b10-94be-46c6-be96-2fffd279c159\">Aper\u00e7u<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-8a733a57-5480-4758-911e-46ffc6af953b\">Votre t\u00e2che<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-d194c45f-37fc-4601-8ab3-de9b4974a4a3\">MUSCLE<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-1285552d-049a-4c11-bd79-cfaa40a8f7a7\">S\u00e9quences d&#8217;acides amin\u00e9s<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-7eb8e73c-ae74-4cfe-822f-3c7775beeee2\">Questions<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-f9fcf67e-c0d4-45cc-b8bc-959d4ee50b10\">Navigation d&#8217;activit\u00e9<\/a><\/li><\/ul><div class=\"vf-tabs-content\" data-vf-js-tabs-content=\"true\">\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-06938b10-94be-46c6-be96-2fffd279c159\"><h2>Aper\u00e7u<\/h2>\n<p>Dans cette partie de l&#8217;activit\u00e9, nous ins\u00e9rerons deux des s\u00e9quences de prot\u00e9ines que vous avons d\u00e9j\u00e0 produites \u00e0 l&#8217;\u00e9tape pr\u00e9c\u00e9dente dans l&#8217;outil d&#8217;alignement EMBL-EBI MUSCLE, afin de v\u00e9rifier s&#8217;il existe des similarit\u00e9s entre ces deux prot\u00e9ines fluorescentes. Un alignement de s\u00e9quence bas\u00e9 sur la s\u00e9quence d&#8217;acides amin\u00e9s donne plus d&#8217;indices quant \u00e0 leur similarit\u00e9 qu&#8217;une s\u00e9quence de nucl\u00e9otide. L&#8217;alignement nous permet de visualiser les additions, les suppressions ou les \u00e9changes \u00e0 l&#8217;int\u00e9rieur des s\u00e9quences d&#8217;acides amin\u00e9s. Il nous permet aussi de trouver des r\u00e9sidus d&#8217;acides amin\u00e9s ou des segments qui ont \u00e9t\u00e9 fortement conserv\u00e9s pendant son \u00e9volution.<\/p>\n\n\n\n<p>\u00c0 la fin de cette t\u00e2che, vous aurez produit un alignement de s\u00e9quences multiples au niveau de la prot\u00e9ine et vous serez en mesure d&#8217;estimer grossi\u00e8rement la nature et l&#8217;emplacement des diff\u00e9rences entre les deux s\u00e9quences.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-8a733a57-5480-4758-911e-46ffc6af953b\"><h2>Votre t\u00e2che<\/h2>\n<p><strong>Suivez la proc\u00e9dure suivante :<\/strong><\/p>\n\n\n\n<ol class=\"wp-block-list\"><li>Copiez toutes les s\u00e9quences d&#8217;acides amin\u00e9s qui sont disponibles sous l&#8217;onglet &#8220;S\u00e9quences d&#8217;acides amin\u00e9s&#8221; (par ex. s\u00e9lectionnez et copiez le bloc complet des s\u00e9quences) (vous pouvez utiliser le raccourci clavier : Ctrl + C).<\/li><li>Collez la s\u00e9quences d&#8217;acides amin\u00e9s dans la zone de recherche MUSCLE (vous pouvez utiliser le raccourci clavier Ctrl + V).<\/li><li>Suivez les instructions sous l&#8217;onglet &#8220;MUSCLE&#8221; pour aligner vos s\u00e9quences.<\/li><li>Observez l&#8217;alignement ainsi produit et essayez de r\u00e9pondre aux questions relatives \u00e0 la t\u00e2che.<\/li><\/ol>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-d194c45f-37fc-4601-8ab3-de9b4974a4a3\"><h2>MUSCLE<\/h2>\n<ol class=\"wp-block-list\"><li>Copiez toutes les s\u00e9quences d&#8217;acides amin\u00e9s qui sont disponibles sous l&#8217;onglet &#8220;S\u00e9quences d&#8217;acides amin\u00e9s&#8221; (par ex. s\u00e9lectionnez et copiez le bloc complet des s\u00e9quences) (vous pouvez utiliser le raccourci clavier Ctrl + C).<\/li><li>Collez la s\u00e9quence d&#8217;acides amin\u00e9s dans la zone de recherche MUSCLE (vous pouvez utiliser le raccourci clavier Ctrl + V).<\/li><li>Dans la section &#8220;\u00c9tape 2&#8221;, assurez-vous que le &#8220;<strong>Format de sortie<\/strong>&#8221; correspond \u00e0 <strong>&#8220;ClustalW&#8221;<\/strong>.<\/li><li>Cliquez simplement sur le gros bouton <strong>&#8220;Envoyer&#8221;<\/strong> et votre alignement sera trait\u00e9.<\/li><li>Vous pourrez voir le r\u00e9sultat en quelques secondes.<\/li><li>Observez l&#8217;alignement et essayez de r\u00e9pondre aux questions sous l&#8217;onglet &#8220;Questions&#8221;.<\/li><\/ol>\n\n\n<div\n  class=\"vf-embed vf-embed--custom-ratio\"\n\n  style=\"--vf-embed-max-width: 100%;\n    --vf-embed-custom-ratio-x: 640;\n    --vf-embed-custom-ratio-y: 360;\"\n><iframe loading=\"lazy\" width=\"640\" height=\"360\" src=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/muscle\/\" frameborder=\"0\" allow=\"accelerometer; autoplay; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture\" allowfullscreen><\/iframe><\/div>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-1285552d-049a-4c11-bd79-cfaa40a8f7a7\"><h2>S\u00e9quences d&#8217;acides amin\u00e9s<\/h2>\n<details  class=\"vf-details\" id=\"\"  >\n<summary class=\"vf-details--summary\">\nProtein sequence 1<\/summary>\n<div class=\"acf-innerblocks-container\">\n\n<pre class=\"wp-block-preformatted\"><span style=\"word-break:break-all\"<\/span>&gt;Protein_Sequence1_AVGFP_1\nMSKGEELFTGVVPVLVELDGDVNGQKFSVSGEGEGDATYGKLTLNFICTTGKLPVPWPTLVTTFSYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFYKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKMEYNYNSHNVYIMGDKPKNGIKVNFKIRHNIKDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMILLEFVTAARITHGMDELYK<\/pre>\n\n<\/div>\n<\/details>\n\n\n\n<details  class=\"vf-details\" id=\"\"  >\n<summary class=\"vf-details--summary\">\nProtein sequence 2<\/summary>\n<div class=\"acf-innerblocks-container\">\n\n<pre class=\"wp-block-preformatted\"><span style=\"word-break:break-all\"<\/span>&gt;Protein_Sequence2_GFPm_1\nMSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTFGYGVQCFARYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITHGMDELYK<\/pre>\n\n<\/div>\n<\/details>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-7eb8e73c-ae74-4cfe-822f-3c7775beeee2\"><h2>Questions<\/h2>\n<p>Observez l&#8217;alignement de la prot\u00e9ine et essayez de r\u00e9pondre aux questions suivantes :<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li>Comment pouvez-vous savoir si les r\u00e9sidus d&#8217;acides amin\u00e9s des s\u00e9quences individuelles sont identiques ou non aux autres alignements de s\u00e9quences ?<\/li><li>Croyez-vous qu&#8217;il y ait plusieurs acides amin\u00e9s correspondants ? Y a-t-il plus de similarit\u00e9s comparativement aux alignements des nucl\u00e9otides respectifs ?<\/li><li>Quelles sont les raisons de ces diff\u00e9rences ?<\/li><\/ul>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-f9fcf67e-c0d4-45cc-b8bc-959d4ee50b10\"><h2>Navigation d&#8217;activit\u00e9<\/h2>\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/?lang=fr\">Chasse au tr\u00e9sor GFP<\/a><\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/gfp-treasure-hunt-introduction\/?lang=fr\">Chasse au tr\u00e9sor GFP \u2013 Introduction<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-1-database-search\/?lang=fr\">\u00c9tape 1: Recherche avec bases de donn\u00e9es<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-2-comparison-of-nucleotide-sequences\/?lang=fr\">\u00c9tape 2: Comparaison des s\u00e9quences de nucl\u00e9otides<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-3-translation-of-mrnas\/?lang=fr\">\u00c9tape 3 : Traduction de l&#8217;ARN messager<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-4-comparison-of-amino-acid-sequences\/?lang=fr\">\u00c9tape 4 : Comparaison des s\u00e9quences d&#8217;acides amin\u00e9s<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-5-structure-of-gfp\/?lang=fr\"><strong>\u00c9tape 5: Structure de la GFP<\/strong><\/a><\/li><\/ul>\n<\/section>\n<\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"featured_media":28457,"parent":28286,"menu_order":2,"template":"","class_list":["post-29220","teachingbase","type-teachingbase","status-publish","has-post-thumbnail","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/29220","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/types\/teachingbase"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/28286"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media\/28457"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=29220"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}