{"id":29194,"date":"2015-10-05T19:24:04","date_gmt":"2015-10-05T17:24:04","guid":{"rendered":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/gfp-treasure-hunt-introduction\/"},"modified":"2021-06-17T17:59:50","modified_gmt":"2021-06-17T17:59:50","slug":"gfp-treasure-hunt-introduction","status":"publish","type":"teachingbase","link":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/gfp-treasure-hunt-introduction\/?lang=it","title":{"rendered":"Caccia al tesoro GFP \u2013 Introduzione"},"content":{"rendered":"\n<div class=\"vf-tabs\"><ul class=\"vf-tabs__list\" data-vf-js-tabs=\"true\"><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-4299ba5f-81f8-4496-897f-0bfeb0925b82\">Introduzione<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-89887417-e975-4e9b-b4d8-f738aae76f6a\">Navigazione attivit\u00e0<\/a><\/li><\/ul><div class=\"vf-tabs-content\" data-vf-js-tabs-content=\"true\">\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-4299ba5f-81f8-4496-897f-0bfeb0925b82\"><h2>Introduzione<\/h2>\n<p><strong>Come appare una sequenza biologica e cosa ci possiamo fare?<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p>Immaginate che la the EMBL Genomics Core Facility abbia sequenziato campioni di DNA di differenti proteine fluorescenti. Prima di iniziare la vostra analisi bioinformatica su questi campioni, leggete qui sotto per capire che aspetto hanno i risultati del sequenziamento del DNA.<\/p>\n\n\n\n<p>I risultati del sequenziamento del DNA possono essere visualizzati in due modi :<\/p>\n\n\n\n<p><strong>1. Cromatogrammi di sequenziamento<\/strong><\/p>\n\n\n\n<div class=\"vf-grid | vf-grid__col-3\"><div class=\"vf-grid__col--span-2\"><!--[vf\/content]-->\n<div class=\"vf-content\">\n\nUn cromatogramma di sequenziamento mostra i dati prodotti dalla macchina sequenziatrice sotto forma dei cosiddetti &#8220;picchi&#8221;.\nA ciascuna delle 4 basi azotate \u00e8 assegnato un diverso colore :\n<br>A =&nbsp;<span style=\"color:green\">verde<\/span>&nbsp;, C =&nbsp;<span style=\"color:blue\">blu<\/span>&nbsp;, G = nero, T =&nbsp;<span style=\"color:red\">rosso<\/span><\/p>\n\n\n\n<p>la sequenza del DNA pu\u00f2 essere &#8220;letta&#8221; come sequenza dei singoli picchi. L&#8217;esempio seguente illustra uno di questi cromatogrammi di sequenziamento:<\/p>\n\n<\/div>\n<\/div>\n\n\n<div><!--[vf\/content]-->\n<div class=\"vf-content\">\n\n<figure class=\"vf-figure wp-block-image size-large\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"592\" height=\"235\" class=\"vf-figure__image\" src=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-content\/uploads\/2021\/05\/Chromatogram_Example.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-1678\" srcset=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-content\/uploads\/2021\/05\/Chromatogram_Example.png 592w, https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-content\/uploads\/2021\/05\/Chromatogram_Example-300x119.png 300w\" sizes=\"auto, (max-width: 592px) 100vw, 592px\" \/><\/figure>\n\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n\n\n\n<p><strong>2. File di testo in formato FASTA<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p>Il formato FASTA \u00e8 un formato di testo utilizzato per mostrare e archiviare sequenze di acidi nucleici (DNA e RNA) e di aminoacidi (proteine).<br>Ogni sequenza inizia con una riga contenente il segno maggiore (&gt;) ed un&#8217;intestazione descrittiva (che \u00e8 il nome della sequenza). Il nome della sequenza \u00e9 aggiunto dopo il segno &gt; senza spazio. Le righe seguenti contengono la sequenza. Qui sotto \u00e8 riportato un <strong>esempio di una sequenza in formato FASTA <\/strong>:<\/p>\n\n\n\n<pre class=\"wp-block-preformatted\" style=\"word-break:break-all\">&gt;Human_1233_P1\nAGGAGCAGGGAGGGCAGGAGCCAGGGCTGGGCATAAAAGTCAGGGCAGAGCCATCTATTGCTTACATTTGCTTCTGACACAACTGTGTTCACTAGCAACCTCAAACAGACACCATGGTGCACCTGACTCCTGAGGAGAAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGGAAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGTTGGTATCAAGGTTACAAGACAGGTTTAAGGAGACCAATAGAAACTGGGCATGTGGAGACAGAGAAGACTCTTGGGTTTCTGATAGGCACTGACTCTCTCTGCCTATTGGTCTATTTTCCCACCCTTAGGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGGGGATCTGTCCACTCCTGATGCTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCATGGCAAGAAAGTGCTCGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCACGTGGATCCTGAGAACTTCAGGGT\n<\/pre>\n\n\n\n<p>Nelle sequenza in formato FASTA <strong>codici di 1 lettera<\/strong> sono utilizzati per gli acidi nucleici e per gli aminoacidi:<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Codici di 1 lettera per gli acidi nucleici:<\/strong> <br>Adenina = A<br>Citosina = C<br>Guanina = G<br>Timina = T <br><\/p>\n\n\n\n<p><strong>codici di 1 lettera per gli aminoacidi:<\/strong> <br>Alanina A, Arginina R, Asparagina N, Aspartato D, Cisteina C, Glutamina Q, Acido glutamico E, Glicina G, Istidina H, Isoleucina I, Leucina L, Lisina K, Metionina M, Fenilalanina F, Prolina P, Serina S, Treonina T, Triptofano W, Tirosina Y, Valina V<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-89887417-e975-4e9b-b4d8-f738aae76f6a\"><h2>Navigazione attivit\u00e0<\/h2>\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/?lang=it\">Caccia al tesoro GFP<\/a><\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/gfp-treasure-hunt-introduction\/?lang=it\">Caccia al tesoro GFP \u2013 Introduzione<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-1-database-search\/?lang=it\"><strong>Step 1: Ricerca nel database<\/strong><\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-2-comparison-of-nucleotide-sequences\/?lang=it\">Step 2: Confronto di sequenze nucleotidiche<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-3-translation-of-mrnas\/?lang=it\">Step 3: Traduzione degli mRNA<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-4-comparison-of-amino-acid-sequences\/?lang=it\">Step 4: Confronto di sequenze aminoacidiche<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-5-structure-of-gfp\/?lang=it\">Step 5: Struttura della GFP<\/a><\/li><\/ul>\n<\/section>\n<\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"featured_media":29195,"parent":28290,"menu_order":6,"template":"","class_list":["post-29194","teachingbase","type-teachingbase","status-publish","has-post-thumbnail","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/29194","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/types\/teachingbase"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/28290"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media\/29195"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=29194"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}