{"id":29180,"date":"2015-10-05T19:30:56","date_gmt":"2015-10-05T17:30:56","guid":{"rendered":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-1-database-search\/"},"modified":"2021-06-18T04:02:30","modified_gmt":"2021-06-18T04:02:30","slug":"step-1-database-search","status":"publish","type":"teachingbase","link":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-1-database-search\/?lang=fr","title":{"rendered":"\u00c9tape 1: Recherche avec bases de donn\u00e9es"},"content":{"rendered":"\n<div class=\"vf-tabs\"><ul class=\"vf-tabs__list\" data-vf-js-tabs=\"true\"><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-eb3017af-9360-4832-908c-107a9f99818b\">Aper\u00e7u<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-d751d2a3-18f5-4d42-8d6c-d40e16241457\">T\u00e2che<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-d3b43fe3-023d-481e-afb7-6734f27d7e1d\">ENA<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-9f84c97d-209d-4748-b6c9-776638207dba\">S\u00e9quence 1-4<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-52c6bc99-9a02-4ae5-8a6e-430840bb6818\">Questions<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-8a08190e-8d17-4c24-a88a-801893213516\">Navigation d&#8217;activit\u00e9<\/a><\/li><\/ul><div class=\"vf-tabs-content\" data-vf-js-tabs-content=\"true\">\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-eb3017af-9360-4832-908c-107a9f99818b\"><h2>Aper\u00e7u<\/h2>\n<p>Imaginez que vos \u00e9chantillons d\u2019ADN aient \u00e9t\u00e9 m\u00e9lang\u00e9s avant d\u2019\u00eatre s\u00e9quenc\u00e9s et que nous n\u2019avions aucun moyen de les reconna\u00eetre. Pour \u00e9tablir l\u2019identit\u00e9 des s\u00e9quences et en savoir plus sur leurs origines, nous effectuerons une recherche dans une base de donn\u00e9es qui s\u2019appelle l\u2019European nucleotide archive ou l\u2019ENA (Registre Europ\u00e9en des nucl\u00e9otides).<\/p>\n\n\n\n<p>Les s\u00e9quences que nous utiliserons pour les besoins de nos analyses sont disponibles sous les onglets \u201cS\u00e9quences\u201d ci-dessous. Chacune d\u2019elles poss\u00e8de un nom g\u00e9n\u00e9rique, et suite \u00e0 votre recherche dans l\u2019ENA, vous devriez \u00eatre en mesure d\u2019assigner les s\u00e9quences \u00e0 quatre organismes d\u2019origine.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-d751d2a3-18f5-4d42-8d6c-d40e16241457\"><h2>T\u00e2che<\/h2>\n<p><strong>Suivez la proc\u00e9dure suivante :<\/strong><\/p>\n\n\n\n<ol class=\"wp-block-list\"><li>Allez \u00e0 l&#8217;onglet &#8220;S\u00e9quence 1&#8243; et copiez la s\u00e9quence enti\u00e8re d\u00e9butant par &gt;&#8221;S\u00e9quence 1&#8221;. Vous pouvez utiliser le raccourci clavier Ctrl.+C pour copier la s\u00e9quence.<\/li><li>Suivez les instructions sous l&#8217;onglet &#8220;ENA&#8221; pour effectuer une recherche dans la base de donn\u00e9es.<\/li><li>Prenez en note ce que vous avez trouv\u00e9, essayez de r\u00e9pondre aux questions sous l&#8217;onglet &#8220;Questions&#8221; et r\u00e9p\u00e9tez cette proc\u00e9dure avec le reste des s\u00e9quences.<\/li><\/ol>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-d3b43fe3-023d-481e-afb7-6734f27d7e1d\"><h2>ENA<\/h2>\n<ol class=\"wp-block-list\"><li>Collez la s\u00e9quence dans la zone de recherche ENA (raccourci clavier : Ctrl.+V).<\/li><li>Maintenant, cliquez en bas sur <strong>&#8220;Envoyer&#8221;<\/strong> et pour d\u00e9marrer votre recherche. La s\u00e9quence ins\u00e9r\u00e9e pourra alors \u00eatre compar\u00e9e \u00e0 toutes les s\u00e9quences connues disponibles dans la base de donn\u00e9es.<\/li><li>Les r\u00e9sultats de la recherche vous seront pr\u00e9sent\u00e9s en quelques secondes. Faites d\u00e9filer la page jusqu&#8217;aux colonnes identifi\u00e9es &#8220;ENA&#8221; et essayez de trouver quelles esp\u00e8ces correspondent \u00e0 votre s\u00e9quence. Les s\u00e9quences les plus apparent\u00e9es on une valeur d'&#8221;Identit\u00e9 (%)&#8221; de 100 et une &#8220;E-Value&#8221; (valeur attendue) de 0.<\/li><li>Veuillez prendre en note ce que vous avez trouv\u00e9, essayez de r\u00e9pondre aux questions sous l&#8217;onglet &#8220;Questions&#8221; et r\u00e9p\u00e9tez cette proc\u00e9dure avec le reste des s\u00e9quences.<\/li><\/ol>\n\n\n<div\n  class=\"vf-embed vf-embed--custom-ratio\"\n\n  style=\"--vf-embed-max-width: 100%;\n    --vf-embed-custom-ratio-x: 640;\n    --vf-embed-custom-ratio-y: 360;\"\n><iframe loading=\"lazy\" width=\"640\" height=\"360\" src=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/ena\/browser\/\" frameborder=\"0\" allow=\"accelerometer; autoplay; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture\" allowfullscreen><\/iframe><\/div>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-9f84c97d-209d-4748-b6c9-776638207dba\"><h2>S\u00e9quence 1-4<\/h2>\n<details  class=\"vf-details\" id=\"\"  >\n<summary class=\"vf-details--summary\">\nS\u00e9quence 1<\/summary>\n<div class=\"acf-innerblocks-container\">\n\n<pre class=\"wp-block-preformatted\"><span style=\"word-break:break-all\"<\/span>&gt;Sequence1_AVGFP\nATGAGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTGGTCCCAGTTCTTGTTGAATTAGATGGCGATGTTAATGGGCAAAAATTCTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCAACATACGGAAAACTTACCCTTAATTTTATTTGCACTACTGGGAAGCTACCTGTTCCATGGCCAACACTTGTCACTACTTTCTCTTATGGTGTTCAATGCTTCTCAAGATACCCAGATCATATGAAACAGCATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAAGGTTATGTACAGGAAAGAACTATATTTTACAAAGATGACGGGAACTACAAGACACGTGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCCTTGTTAATAGAATCGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGAAACATTCTTGGACACAAAATGGAATACAACTATAACTCACATAATGTATACATCATGGGAGACAAACCAAAGAATGGCATCAAAGTTAACTTCAAAATTAGACACAACATTAAAGATGGAAGCGTTCAATTAGCAGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTACCTGTCCACACAATCTGCCCTTTCCAAAGATCCCAACGAAAAGAGAGATCACATGATCCTTCTTGAGTTTGTAACAGCTGCTAGGATTACACATGGCATGGATGAACTATACAAA<\/pre>\n\n<\/div>\n<\/details>\n\n\n\n<details  class=\"vf-details\" id=\"\"  >\n<summary class=\"vf-details--summary\">\nS\u00e9quence 2<\/summary>\n<div class=\"acf-innerblocks-container\">\n\n<pre class=\"wp-block-preformatted\"><span style=\"word-break:break-all\"<\/span>\n&gt;Sequence2_GFPm\nATGTCTAAAGGTGAAGAATTATTCACTGGTGTTGTCCCAATTTTGGTTGAATTAGATGGTGATGTTAATGGTCACAAATTTTCTGTCTCCGGTGAAGGTGAAGGTGATGCTACTTACGGTAAATTGACCTTAAAATTTATTTGTACTACTGGTAAATTGCCAGTTCCATGGCCAACCTTAGTCACTACTTTCGGTTATGGTGTTCAATGTTTTGCTAGATACCCAGATCATATGAAACAACATGACTTTTTCAAGTCTGCCATGCCAGAAGGTTATGTTCAAGAAAGAACTATTTTTTTCAAAGATGACGGTAACTACAAGACCAGAGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCTTAGTTAATAGAATCGAATTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGTAACATTTTAGGTCACAAATTGGAATACAACTATAACTCTCACAATGTTTACATCATGGCTGACAAACAAAAGAATGGTATCAAAGTTAACTTCAAAATTAGACACAACATTGAAGATGGTTCTGTTCAATTAGCTGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGTGATGGTCCAGTCTTGTTACCAGACAACCATTACTTATCCACTCAATCTGCCTTATCCAAAGATCCAAACGAAAAGAGAGACCACATGGTCTTGTTAGAATTTGTTACTGCTGCTGGTATTACCCATGGTATGGATGAATTGTACAAATAACTGCAG<\/pre>\n\n<\/div>\n<\/details>\n\n\n\n<details  class=\"vf-details\" id=\"\"  >\n<summary class=\"vf-details--summary\">\nS\u00e9quence 3<\/summary>\n<div class=\"acf-innerblocks-container\">\n\n<pre class=\"wp-block-preformatted\"><span style=\"word-break:break-all\"<\/span>&gt;Sequence3_YFP\nAATATTTTTATTAATTCATTAGAAAAATGAGAGGAAGGATTATTATGTTTAAAGGTATAGTAGAAGGTATAGGAATCATTGAAAAAATTGATATATATACTGACCTAGATAAGTATGCAATTCGATTTCCTGAAAATATGTTGAATGGAATTAAAAAGGAGTCGTCAATAATGTTTAACGGATGCTTCTTAACGGTAACTAGCGTGAATTCAAACATTGTCTGGTTTGATATATTTGAAAAAGAAGCACGTAAGCTTGATACTTTTCGGGAATATAAGGTAGGTGACCGAGTAAATTTAGGAACATTCCCAAAATTTGGCGCTGCATCTGGTGGGCATATATTATCAGCAAGGATTTCATGTGTAGCAAGTATTATTGAAATAATAGAAAATGAGGATTATCAACAAATGTGGATTCAAATTCCTGAAAATTTTACAGAGTTTCTTATTGATAAAGACTATATTGCTGTGGATGGTATTAGCTTAACTATTGACACTATAAAAAACAACCAATTTTTCATTAGTTTACCCTTAAAAATAGCACAAAATACAAATATGAAATGGCGAAAAAAAGGTGATAAGGTAAATGTTGAGTTATCAAACAAAATTAATGCTAACCAGTGTTGGTAATTTACTGAGGATAGTAAAAATGAACTGTTTAAAATAATATTTAAATTTTTATTTATAATACAGAGTCAGTTGTTGTAAATAGTCTGAGTGGTAAATAAGTTCTACCATTAATTAAATATTATCCATATTAAATAAAGGATCT<\/pre>\n\n<\/div>\n<\/details>\n\n\n\n<details  class=\"vf-details\" id=\"\"  >\n<summary class=\"vf-details--summary\">\nS\u00e9quence 4<\/summary>\n<div class=\"acf-innerblocks-container\">\n\n<pre class=\"wp-block-preformatted\"><span style=\"word-break:break-all\"<\/span>&gt;Sequence4_RFP\nAGTTTCAGCCAGTGACAGGGTGAGCTGCCAGGTATTCTAACAAGATGAGTTGTTCCAAGAATGTGATCAAGGAGTTCATGAGGTTCAAGGTTCGTATGGAAGGAACGGTCAATGGGCACGAGTTTGAAATAAAAGGCGAAGGTGAAGGGAGGCCTTACGAAGGTCACTGTTCCGTAAAGCTTATGGTAACCAAGGGTGGACCTTTGCCATTTGCTTTTGATATTTTGTCACCACAATTTCAGTATGGAAGCAAGGTATATGTCAAACACCCTGCCGACATACCAGACTATAAAAAGCTGTCATTTCCTGAGGGATTTAAATGGGAAAGGGTCATGAACTTTGAAGACGGTGGCGTGGTTACTGTATCCCAAGATTCCAGTTTGAAAGACGGCTGTTTCATCTACGAGGTCAAGTTCATTGGGGTGAACTTTCCTTCTGATGGACCTGTTATGCAGAGGAGGACACGGGGCTGGGAAGCCAGCTCTGAGCGTTTGTATCCTCGTGATGGGGTGCTGAAAGGAGACATCCATATGGCTCTGAGGCTGGAAGGAGGCGGCCATTACCTCGTTGAATTCAAAAGTATTTACATGGTAAAGAAGCCTTCAGTGCAGTTGCCAGGCTACTATTATGTTGACTCCAAACTGGATATGACGAGCCACAACGAAGATTACACAGTCGTTGAGCAGTATGAAAAAACCCAGGGACGCCACCATCCGTTCATTAAGCCTCTGCAGTGAACTCGGCTCAGTCATGGATTAGCGGTAATGGCCACAAAAGGCACGATGATCGTTTTTTAGGAATGCAGCCAAAAATTGAAGGTTATGACAGTAGAAATACAAGCAACAGGCTTTGCTTATTAAACATGTAATTGAAAAC<\/pre>\n\n<\/div>\n<\/details>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-52c6bc99-9a02-4ae5-8a6e-430840bb6818\"><h2>Questions<\/h2>\n<ul class=\"wp-block-list\"><li>Quelles esp\u00e8ces correspondent aux s\u00e9quences 1, 2, 3 et 4 ?<\/li><li>En observant les &#8220;Alignements&#8221;,voustrouverezunecomparaison 1 \u00e0 1 des deuxs\u00e9quences.Cette techniques&#8217;appelle &#8220;alignement parpaires&#8221;. Pourvisualiserl&#8217;alignement,vouspouvezcliquer sur la description desr\u00e9sultats de larechercheindividuelle ou sur &#8220;Affichertous lesalignements&#8221; au bas desr\u00e9sultatsENA.<ul><li>Comment sont repr\u00e9sent\u00e9s les nucl\u00e9otides qui correspondent aux deux s\u00e9quences ?<\/li><li>Comparez la s\u00e9quence que vous avez entr\u00e9 avec la s\u00e9quence de la base de donn\u00e9es. Y a-t-il des diff\u00e9rences entre votre s\u00e9quence (demande) et la s\u00e9quence enregistr\u00e9e dans la base de donn\u00e9es (sujet) ?<\/li><li>Y a-t-il des diff\u00e9rences entre les nucl\u00e9otides individuels des deux s\u00e9quences ? Veuillez justifier votre r\u00e9ponse.<\/li><\/ul><\/li><\/ul>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-8a08190e-8d17-4c24-a88a-801893213516\"><h2>Navigation d&#8217;activit\u00e9<\/h2>\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/?lang=fr\">Chasse au tr\u00e9sor GFP<\/a><\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/gfp-treasure-hunt-introduction\/?lang=fr\">Chasse au tr\u00e9sor GFP \u2013 Introduction<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-1-database-search\/?lang=fr\">\u00c9tape 1: Recherche avec bases de donn\u00e9es<\/a><\/li><li><strong><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-2-comparison-of-nucleotide-sequences\/?lang=fr\">\u00c9tape 2: Comparaison des s\u00e9quences de nucl\u00e9otides<\/a><\/strong><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-3-translation-of-mrnas\/?lang=fr\">\u00c9tape 3 : Traduction de l&#8217;ARN messager<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-4-comparison-of-amino-acid-sequences\/?lang=fr\">\u00c9tape 4 : Comparaison des s\u00e9quences d&#8217;acides amin\u00e9s<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-5-structure-of-gfp\/?lang=fr\">\u00c9tape 5: Structure de la GFP<\/a><\/li><\/ul>\n<\/section>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n<p><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"featured_media":29181,"parent":28286,"menu_order":5,"template":"","class_list":["post-29180","teachingbase","type-teachingbase","status-publish","has-post-thumbnail","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/29180","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/types\/teachingbase"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/28286"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media\/29181"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=29180"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}