{"id":28499,"date":"2015-10-05T13:47:08","date_gmt":"2015-10-05T11:47:08","guid":{"rendered":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-4-topological-and-structural-analysis-of-proteins\/"},"modified":"2021-06-17T14:37:17","modified_gmt":"2021-06-17T14:37:17","slug":"part-4-topological-and-structural-analysis-of-proteins","status":"publish","type":"teachingbase","link":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-4-topological-and-structural-analysis-of-proteins\/?lang=fr","title":{"rendered":"Partie 4 : Analyses topologique et structurelle des prot\u00e9ines"},"content":{"rendered":"\n<div class=\"vf-tabs\"><ul class=\"vf-tabs__list\" data-vf-js-tabs=\"true\"><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-feeb5d9b-3c8d-4306-b0e3-a7aaf182833d\">Aper\u00e7u<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-a825691f-52a3-4fdb-ad2b-e746a1da8a8c\">Votre t\u00e2che<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-a06ebf8a-83a2-4f49-a96a-4f17cb2ab058\">Uniprot et PDBe<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-a68c550e-908c-4c46-8c0b-6e40d1090e49\">Questions<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-ff1dedb3-2691-46d2-9e4d-5d2ff1cc3fba\">Navigation d\u2018activit\u00e9<\/a><\/li><\/ul><div class=\"vf-tabs-content\" data-vf-js-tabs-content=\"true\">\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-feeb5d9b-3c8d-4306-b0e3-a7aaf182833d\"><h2>Aper\u00e7u<\/h2>\n<p>En plus de l&#8217;analyse des structures primaires des acides amin\u00e9s des opsines, nous pouvons utiliser les informations obtenues \u00e0 partir de diff\u00e9rentes bases de donn\u00e9es de prot\u00e9ines pour en apprendre davantage au sujet de la structure mol\u00e9culaire des prot\u00e9ines. Dans cette activit\u00e9, nous utiliserons la rhodopsine bovine, que vous avons identifi\u00e9e initialement dans la partie 1 \u00e0 titre d&#8217;exemple, et utiliserons la base de donn\u00e9es Uniprot pour obtenir des informations sur la structure secondaire et la topologie membranaire (par ex. comment la structure de la prot\u00e9ine est-elle positionn\u00e9e en fonction de la membrane cellulaire). Nous acc\u00e9derons ensuite \u00e0 la Protein Data Bank en Europe (PDBe) pour visualiser la structure tri-dimensionnelle de la rhodopsine bovine.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-a825691f-52a3-4fdb-ad2b-e746a1da8a8c\"><h2>Votre t\u00e2che<\/h2>\n<p><strong>Suivez la proc\u00e9dure suivante :<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p><strong>1. <\/strong>Recherchez la rhodopsine bovine dans la base de donn\u00e9es Uniprot Protein Knowledgebase pour d\u00e9terminer la structure secondaire et la topologie de la prot\u00e9ine.<br><strong>2.<\/strong> Trouvez la structure tri-dimensionnelle de la rhodopsine bovine en utilisant la base de donn\u00e9es Protein Data Bank en Europe (PDBe).<br><strong>3.<\/strong> Essayez de r\u00e9pondre \u00e0 quelques questions en rapport avec la t\u00e2che.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-a06ebf8a-83a2-4f49-a96a-4f17cb2ab058\"><h2>Uniprot et PDBe<\/h2>\n<p id=\"tw-target-text\"><strong>1. <\/strong>Ouvrir le lien dans une nouvelle fen\u00eatre de navigateur: <a href=\"https:\/\/www.uniprot.org\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">https:\/\/www.uniprot.org\/<\/a><\/p>\n\n\n\n<p><strong>2.<\/strong> Effectuez une recherche dans Uniprot \u201cProtein Knowledgebase (UniProtKB)\u201d en saisissant le num\u00e9ro d&#8217;acc\u00e8s (ou le nom) de la rhodopsine dans la zone de requ\u00eate et en appuyant sur le bouton &#8220;Rechercher&#8221;. <strong>Nom Uniprot : OPSD_BOVIN, num\u00e9ro d&#8217;acc\u00e8s : P02699<\/strong><br>Sur la page des r\u00e9sultats, vous trouverez un r\u00e9sum\u00e9 de toutes les informations scientifiques disponibles concernant cette rhodopsine bovine. Faites d\u00e9filer les informations et essayez de r\u00e9pondre \u00e0 quelques questions concernant cette t\u00e2che.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>3.<\/strong> Pour acc\u00e9der \u00e0 la PDBe (Protein Data Bank in Europe), faites d\u00e9filer le champ &#8220;S\u00e9quences&#8221; et cliquez sur &#8220;UniParc&#8221; \u00e0 c\u00f4t\u00e9 du num\u00e9ro d&#8217;acc\u00e8s. Cela vous m\u00e8nera vers une archive de s\u00e9quences qui contient des liens vers une gamme vari\u00e9e d&#8217;entr\u00e9es de bases de donn\u00e9es sp\u00e9cifiques \u00e0 la prot\u00e9ine que vous recherchez. Identifiez tout lien pertinent \u00e0 la PDB (voir la colonne &#8220;Base de donn\u00e9es&#8221;) et, si les entr\u00e9es existent, cliquez sur le lien de l&#8217;entr\u00e9e la plus r\u00e9cente (la 6e colonne affiche la &#8220;derni\u00e8re entr\u00e9e vue&#8221;).<\/p>\n\n\n\n<p><strong>4.<\/strong> Vous serez alors redirig\u00e9 vers l&#8217;entr\u00e9e de la rhodopsine bovine de la PDBe.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>5.<\/strong> Cliquez sur &#8220;Voir en 3D&#8221; et s\u00e9lectionnez la &#8220;Visionneuse Astex&#8221;. Veuillez noter que vous devrez peut-\u00eatre demander de nouveau une autorisation d&#8217;acc\u00e8s Java \u00e0 cette \u00e9tape.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>6.<\/strong> Vous voyez maintenant un mod\u00e8le de structure tri-dimensionnelle en carton du ruban de la rhodopsine bovine. Vous pouvez utiliser votre curseur pour retourner la structure. Les options s\u00e9lectionn\u00e9es (tel que le type de repr\u00e9sentation structurelle ou la couleur) peuvent \u00eatre modifi\u00e9es en utilisant le menu situ\u00e9 \u00e0 la gauche ou en effectuant un clic droit sur l&#8217;image. Observez le mod\u00e8le de structure tri-dimensionnel et essayez de r\u00e9pondre \u00e0 certaines des questions relatives \u00e0 la t\u00e2che.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-a68c550e-908c-4c46-8c0b-6e40d1090e49\"><h2>Questions<\/h2>\n<p><strong>1.<\/strong> En regardant les informations disponibles dans la banque de donn\u00e9es Uniprot, pouvez-vous r\u00e9pondre \u00e0 quelques-unes des questions suivantes ?<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li>Combien y a-t-il de domaines transmembranaires et comment sont-ils distribu\u00e9s dans la prot\u00e9ine ?<\/li><li>Quels r\u00e9sidus d&#8217;acides amin\u00e9s forment le site de liaison pour le chromophore ?<\/li><li>\u00c0 quoi la structure secondaire de la prot\u00e9ine ressemble-t-elle (y a-t-il plus d&#8217;h\u00e9lices alpha ou plus de brins b\u00eata) ?<\/li><\/ul>\n\n\n\n<p><strong>2. <\/strong>En observant la structure tri-dimensionnelle, pouvez-vous r\u00e9pondre \u00e0 quelques-unes des questions suivantes ?<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li>\u00c0 quoi la forme de la rhodopsine bovine ressemble-t-elle ?<\/li><li>Pouvez-vous identifier les h\u00e9lices alpha ou les feuillets b\u00eata individuels ? Cette prot\u00e9ine a \u00e9t\u00e9 cristallis\u00e9es sous la forme d&#8217;un dim\u00e8re, ce qui signifie qu&#8217;elle contient deux sous-unit\u00e9s polypeptidiques. Pouvez-vous voir les deux ensembles de 7 h\u00e9lices transmembranaires ?<\/li><li>Pouvez-vous localiser les sites de liaisons des chromophores \u00e0 l&#8217;int\u00e9rieur de la structure en ruban ?<\/li><\/ul>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-ff1dedb3-2691-46d2-9e4d-5d2ff1cc3fba\"><h2>Navigation d\u2018activit\u00e9<\/h2>\n<ul class=\"wp-block-list\"><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/?lang=fr\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28421\">Exploration de l&#8217;\u00e9volution des prot\u00e9ines photosensibles<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-1-search-for-protein-identity\/?lang=fr\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28442\">Partie 1: \u00c0 la recherche de l\u2019identit\u00e9 des prot\u00e9ines<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-2-multiple-sequence-alignment-of-protein-sequences\/?lang=fr\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28456\">Partie 2 : Alignements multiples des s\u00e9quences de prot\u00e9ines<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-3-phylogenetic-analysis-of-aligned-protein-sequences\/?lang=fr\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28476\">Partie 3 : Analyses phylog\u00e9n\u00e9tiques des alignements de s\u00e9quences de prot\u00e9ines<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-4-topological-and-structural-analysis-of-proteins\/?lang=fr\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28499\">Partie 4 : Analyses topologique et structurelle des prot\u00e9ines<\/a><\/li><\/ul>\n<\/section>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n<p><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"featured_media":28500,"parent":28421,"menu_order":1,"template":"","class_list":["post-28499","teachingbase","type-teachingbase","status-publish","has-post-thumbnail","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/28499","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/types\/teachingbase"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/28421"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media\/28500"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=28499"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}