{"id":28476,"date":"2015-10-05T13:46:40","date_gmt":"2015-10-05T11:46:40","guid":{"rendered":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-3-phylogenetic-analysis-of-aligned-protein-sequences\/"},"modified":"2021-06-17T14:37:45","modified_gmt":"2021-06-17T14:37:45","slug":"part-3-phylogenetic-analysis-of-aligned-protein-sequences","status":"publish","type":"teachingbase","link":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-3-phylogenetic-analysis-of-aligned-protein-sequences\/?lang=fr","title":{"rendered":"Partie 3 : Analyses phylog\u00e9n\u00e9tiques des alignements de s\u00e9quences de prot\u00e9ines"},"content":{"rendered":"\n<div class=\"vf-tabs\"><ul class=\"vf-tabs__list\" data-vf-js-tabs=\"true\"><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-3687f4f2-ec44-4a8b-b9d9-892ccf767415\">Aper\u00e7u<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-021ae0ac-4eb7-45e0-a5a3-34b30f9bad18\">Votre t\u00e2che<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-adf6fadf-79f2-42ed-a503-272a803893c1\">MUSCLE<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-c6293ee4-0b5e-40e0-a9c1-6cc5cf1cd33e\">Questions<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-62917c2a-aa30-4312-ad3c-464533410cc0\">T\u00e2che facultative<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-90482065-e743-4d9f-8b75-fb7b30a95db5\">Navigation d\u2018activit\u00e9<\/a><\/li><\/ul><div class=\"vf-tabs-content\" data-vf-js-tabs-content=\"true\">\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-3687f4f2-ec44-4a8b-b9d9-892ccf767415\"><h2>Aper\u00e7u<\/h2>\n<p>Dans cette partie de l&#8217;activit\u00e9, nous allons construire un arbre phylog\u00e9n\u00e9tique des 24 prot\u00e9ines de l&#8217;opsine. Pour y arriver, nous devons premi\u00e8rement retirer les r\u00e9sidus d&#8217;acides amin\u00e9s non conserv\u00e9s que nous avons identifi\u00e9s dans l&#8217;alignement de s\u00e9quences multiples de l&#8217;activit\u00e9 de la Partie 2.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-021ae0ac-4eb7-45e0-a5a3-34b30f9bad18\"><h2>Votre t\u00e2che<\/h2>\n<p><strong>Proc\u00e9dez de la mani\u00e8re suivante :<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p><strong>1. <\/strong>Modifiez l&#8217;alignement des s\u00e9quences multiples de la Partie 2 afin de retirer les r\u00e9sidus non conserv\u00e9s.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>i.<\/strong> Retournez \u00e0 la fen\u00eatre JalView o\u00f9 se trouve l&#8217;alignement des s\u00e9quences multiples de la Partie 2.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>ii.<\/strong> Dans JalView, supprimez tout espace ou r\u00e9sidu qui apparaissent comme non conserv\u00e9s, en s\u00e9lectionnant la zone situ\u00e9e dans la partie la plus \u00e9lev\u00e9e du segment de r\u00e9sidu d\u00e9sign\u00e9 \u00e0 l&#8217;aide du curseur (une case rouge avec le dessus rouge solide appara\u00eetra) et en appuyant sur la touche d&#8217;effacement arri\u00e8re de votre clavier.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>iii.<\/strong> Enregistrez le segment modifi\u00e9 en tant que fichier FASTA : Fichier &gt; Sortie pour la bo\u00eete de texte &gt; FASTA. Ouvrez un nouveau document texte sur le bureau de votre ordinateur en effectuant un clic droit sur votre bureau : Nouveau &gt; Document texte. Copiez et collez les donn\u00e9es de la s\u00e9quence \u00e0 partir de la fen\u00eatre ouverte vers le document de texte puis laissez le document texte ouvert pour une utilisation ult\u00e9rieure.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Note :<\/strong> le fait de ne pas modifier ou enregistrer les s\u00e9quences n&#8217;aura pas vraiment d&#8217;incidence sur l&#8217;objectif de cet exercice. Dans cet exercice nous avons s\u00e9lectionn\u00e9 les s\u00e9quences de mani\u00e8re \u00e0 ce qu&#8217;elles produisent un bel arbre phylog\u00e9n\u00e9tique sans avoir \u00e0 effectuer d&#8217;importantes modifications. (Veuillez noter cependant que dans un contexte r\u00e9el, il faut toujours modifier et retirer les r\u00e9gions non-align\u00e9es avant de cr\u00e9er un arbre phylog\u00e9n\u00e9tique !)<\/p>\n\n\n\n<p><strong>2.<\/strong> Pour cr\u00e9er un fichier d&#8217;arbre phylog\u00e9n\u00e9tique des s\u00e9quences qui ont \u00e9t\u00e9 modifi\u00e9es, il faut d&#8217;abord modifier l&#8217;alignement dans MUSCLE (format de sortie \u201cClustalW\u201d). Pour ce faire, allez \u00e0 l&#8217;onglet &#8220;MUSCLE&#8221; et suivez les instructions.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>3.<\/strong> Essayez de r\u00e9pondre \u00e0 quelques-unes des questions de la t\u00e2che.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-adf6fadf-79f2-42ed-a503-272a803893c1\"><h2>MUSCLE<\/h2>\n<p><strong>1.<\/strong> Pour cr\u00e9er un arbre phylog\u00e9n\u00e9tique des s\u00e9quences qui ont \u00e9t\u00e9 modifi\u00e9es, copiez les donn\u00e9es FASTA des alignements que vous avez modifi\u00e9s dans la zone d&#8217;entr\u00e9e dans MUSCLE (avant d&#8217;appuyer sur le bouton &#8220;Envoyer&#8221;, assurez-vous d&#8217;avoir s\u00e9lectionn\u00e9 \u201cClustalW\u201d comme format de sortie).<\/p>\n\n\n\n<p><strong>2. <\/strong>Sur la page des r\u00e9sultats, cliquez sur &#8220;Envoyer vers ClustalW_Phylog\u00e9nie&#8221; puis, sur la page ClustalW phylog\u00e9nie, et s\u00e9lectionnez les \u00e9l\u00e9ments suivants :<br>&#8220;Format d&#8217;arbre&#8221; : par d\u00e9faut; &#8220;Correction de distance&#8221; : ACTIV\u00c9E; &#8220;Exclure les br\u00e8ches&#8221;: ACTIV\u00c9 (Cette \u00e9tape est la plus importante. En modifiant vos s\u00e9quences, les br\u00e8ches non-align\u00e9es seront retir\u00e9es. Cependant, si jamais vous avez laiss\u00e9 des br\u00e8ches dans l&#8217;alignement, le fait de choisir cette option fera en sorte que l&#8217;algorithme fonctionnera seulement avec les positions de s\u00e9quences qui ne contiennent aucune br\u00e8che); &#8220;M\u00e9thode de groupement&#8221; : UPGMA; &#8220;P.I.M.&#8221;: ACTIV\u00c9<\/p>\n\n\n\n<p><strong>3.<\/strong> Cliquez sur &#8220;Envoyer&#8221;.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>4.<\/strong> Au bas de la fen\u00eatre des r\u00e9sultats, sous &#8220;Phylogramme&#8221;, vous trouverez une image de votre arbre phylog\u00e9n\u00e9tique. Vous pouvez choisir l&#8217;option de longueur de branche &#8220;R\u00e9elle&#8221; pour voir \u00e0 quelle vitesse vos s\u00e9quences ont \u00e9volu\u00e9. Cependant, pour la prochaine partie de l&#8217;activit\u00e9, l&#8217;affichage en mode &#8220;cladogramme&#8221; sera plus pratique. En regardant la structure de l&#8217;arbre, essayez de r\u00e9pondre \u00e0 quelques-unes des questions de la t\u00e2che.<\/p>\n\n\n<div\n  class=\"vf-embed vf-embed--custom-ratio\"\n\n  style=\"--vf-embed-max-width: 100%;\n    --vf-embed-custom-ratio-x: 640;\n    --vf-embed-custom-ratio-y: 360;\"\n><iframe loading=\"lazy\" width=\"640\" height=\"360\" src=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/muscle\/\" frameborder=\"0\" allow=\"accelerometer; autoplay; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture\" allowfullscreen><\/iframe><\/div>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-c6293ee4-0b5e-40e0-a9c1-6cc5cf1cd33e\"><h2>Questions<\/h2>\n<p><strong>1.<\/strong> Jetez un coup d&#8217;oeil \u00e0 la structure de l&#8217;arbre. Vous devriez voir une s\u00e9quence qui forme un groupe externe par rapport \u00e0 tous les autres. Quelle est cette s\u00e9quence ? Et pourquoi croyez-vous qu&#8217;il s&#8217;agit pr\u00e9cis\u00e9ment de cette s\u00e9quence ?<br><strong>2.<\/strong> Le reste de l&#8217;arbre s\u00e9pare les s\u00e9quences en deux groupes principaux. Est-ce que cette s\u00e9paration refl\u00e8te aussi g\u00e9n\u00e9ralement les relations \u00e9volutives entre les esp\u00e8ces ? Voyez-vous certaines exceptions ?<\/p>\n\n\n\n<p>Vous pouvez analyser plus en d\u00e9tail l&#8217;\u00e9volution de l&#8217;opsine en compl\u00e9tant un court exercice facultatif (voir l&#8217;onglet &#8220;T\u00e2che facultative&#8221;) ou en allant \u00e0 la 4e partie de l&#8217;activit\u00e9 en cliquant sur le lien ci-dessous.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-62917c2a-aa30-4312-ad3c-464533410cc0\"><h2>T\u00e2che facultative<\/h2>\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Analyse plus approfondie des alignements de s\u00e9quences multiples<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p>Jusqu&#8217;\u00e0 maintenant nous avons r\u00e9ussi \u00e0 construire un arbre phylog\u00e9n\u00e9tique des opsines. Dans cette partie de l&#8217;activit\u00e9, nous utiliserons des alignements de s\u00e9quences multiples pour effectuer une analyse plus approfondie des opsines.<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Votre t\u00e2che<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p>Retournez \u00e0 la section des alignements de s\u00e9quences multiples sur JalView, puis \u00e0 partir des connaissances que vous avez acquises de l&#8217;analyse phylog\u00e9n\u00e9tique de la Partie 3, regroupez les s\u00e9quences en fonction des regroupements que vous avez remarqu\u00e9s dans l&#8217;arbre, \u00e0 la partie 3 (affichage en mode &#8220;Cladogramme&#8221;). Les s\u00e9quences peuvent \u00eatre d\u00e9plac\u00e9es en cliquant sur le nom de chacune d&#8217;entres elles et en utilisant les fl\u00e8ches de d\u00e9placement vers le haut ou vers le bas. Note : pour votre analyse, ne tenez pas compte de la s\u00e9quence Danio_mel_rec1A situ\u00e9e au haut et au bas de l&#8217;alignement ou retirez-la compl\u00e8tement de JalView (vous pouvez la retirer en cliquant sur le nom de la s\u00e9quence et en appuyant sur la touche d&#8217;effacement arri\u00e8re de votre clavier).<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Questions<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p><strong>1. <\/strong>Dans les r\u00e9cepteurs coupl\u00e9s \u00e0 la prot\u00e9ine G, la pr\u00e9sence d&#8217;un motif de tripeptide imm\u00e9diatement \u00e0 la suite d&#8217;un domaine transmembranaire VII (le dernier) est importante pour permettre une liaison G-alpha. Pouvez-vous trouver un groupe tripeptide qui refl\u00e8te aussi le regroupement des s\u00e9quences ?<br><strong>2.<\/strong> Pour quelle raison croyez-vous que ce groupe tripeptide est aussi bien conserv\u00e9 ?<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-90482065-e743-4d9f-8b75-fb7b30a95db5\"><h2>Navigation d\u2018activit\u00e9<\/h2>\n<ul class=\"wp-block-list\"><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/?lang=fr\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28421\">Exploration de l&#8217;\u00e9volution des prot\u00e9ines photosensibles<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-1-search-for-protein-identity\/?lang=fr\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28442\">Partie 1: \u00c0 la recherche de l\u2019identit\u00e9 des prot\u00e9ines<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-2-multiple-sequence-alignment-of-protein-sequences\/?lang=fr\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28456\">Partie 2 : Alignements multiples des s\u00e9quences de prot\u00e9ines<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-3-phylogenetic-analysis-of-aligned-protein-sequences\/?lang=fr\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28476\">Partie 3 : Analyses phylog\u00e9n\u00e9tiques des alignements de s\u00e9quences de prot\u00e9ines<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-4-topological-and-structural-analysis-of-proteins\/?lang=fr\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28499\"><strong>Partie 4 : Analyses topologique et structurelle des prot\u00e9ines<\/strong><\/a><\/li><\/ul>\n<\/section>\n<\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"featured_media":28477,"parent":28421,"menu_order":2,"template":"","class_list":["post-28476","teachingbase","type-teachingbase","status-publish","has-post-thumbnail","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/28476","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/types\/teachingbase"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/28421"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media\/28477"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=28476"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}