{"id":28446,"date":"2015-10-05T13:45:15","date_gmt":"2015-10-05T11:45:15","guid":{"rendered":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-1-search-for-protein-identity\/"},"modified":"2021-06-18T15:02:11","modified_gmt":"2021-06-18T15:02:11","slug":"part-1-search-for-protein-identity","status":"publish","type":"teachingbase","link":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-1-search-for-protein-identity\/?lang=it","title":{"rendered":"Parte 1: Ricerca per identit\u00e0 di proteine"},"content":{"rendered":"\n<div class=\"vf-tabs\"><ul class=\"vf-tabs__list\" data-vf-js-tabs=\"true\"><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-4e25ab7e-2c41-42d5-aa00-09c96f8b4be9\">Descrizione<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-056b45f6-2efd-4a4a-9bbe-8af6cbe7e751\">Compito<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-439c3d0e-3b26-4d30-beea-ef424ad8d3c3\">Sequenza<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-a6dc31f5-7afe-43cb-9e43-f2728ace9ae5\">Protein BLAST<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-7a5ab492-eb0a-4cd9-9b74-10d11126f360\">Domande<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-36f3994d-b165-4987-a6b7-5098d466eec3\">Lista attivit\u00e1<\/a><\/li><\/ul><div class=\"vf-tabs-content\" data-vf-js-tabs-content=\"true\">\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-4e25ab7e-2c41-42d5-aa00-09c96f8b4be9\"><h2>Descrizione<\/h2>\n<p>Immaginiamo di aver clonato un nuovo gene e di aver appena ottenuto il risultato del sequenziamento. Siamo stati in grado di tradurre la sequenza nucleotidica in una sequenza amminoacidica. Tuttavia, non sappiamo nulla riguardo alla funzione del nostro gene. Cercheremo quindi di trovare sequenze molto simili in una banca dati di sequenze di proteine note per vedere se la nostra proteina somigli a qualche sequenza nota e quale sia la sua funzione.<\/p>\n\n\n\n<p>Per iniziare l&#8217;attivit\u00e0, segui le istruzioni nella sezione &#8220;Compito&#8221; e cerca di rispondere alle domande dell&#8217;attivit\u00e0.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-056b45f6-2efd-4a4a-9bbe-8af6cbe7e751\"><h2>Compito<\/h2>\n<p><strong>Procedi secondo le seguenti istruzioni:<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p><strong>1. <\/strong>La sezione \u201cSequenza\u201d contiene la sequenza amminoacidica di una proteina bovina sconosciuta \u201cBovine_Protein\u201d.<br><strong>2.<\/strong> Copia la sequenza e segui le istruzioni riportate nella sezione \u201cProtein BLAST\u201d per avviare una ricerca che ti consenta di identificare la proteina.<br><strong>3.<\/strong> Segui le istruzioni della sezione \u201cprotein BLAST\u201d e poi cerca di rispondere alle domande presenti nella sezione \u201cDomande\u201d.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-439c3d0e-3b26-4d30-beea-ef424ad8d3c3\"><h2>Sequenza<\/h2>\n<p>La tua sequenza iniziale:<\/p>\n\n\n\n<pre class=\"wp-block-code vf-u-text--break\"><code>Bovine_Protein\nMNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVIYMFVVHFIIPLIVIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFFAKTSAVYNPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKNPLGDDEASTTVSKTETSQVAPA<\/code><\/pre>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-a6dc31f5-7afe-43cb-9e43-f2728ace9ae5\"><h2>Protein BLAST<\/h2>\n<p><strong>1.<\/strong> Accedi allo strumento Protein BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) qui sotto.<br><strong>2. <\/strong>Incolla la tua sequenza di amminoacidi (inclusi il simbolo maggiore e il nome della sequenza) nella finestra di ricerca (query box). Fornisci un titolo per la tua ricerca (job title). Accertati che nella sezione parametri (Parameters) sia selezionato \u201cblastp\u201d. Avvia la ricerca cliccando su \u201cSubmit\u201d<br><strong>3.<\/strong> Guarda la tabella dei risultati ottenuti e cerca di rispondere alle domande della sezione \u201cDomande\u201d.<\/p>\n\n\n<div\n  class=\"vf-embed vf-embed--custom-ratio\"\n\n  style=\"--vf-embed-max-width: 100%;\n    --vf-embed-custom-ratio-x: 640;\n    --vf-embed-custom-ratio-y: 360;\"\n><iframe loading=\"lazy\" width=\"640\" height=\"360\" src=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/sss\/ncbiblast\/\" frameborder=\"0\" allow=\"accelerometer; autoplay; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture\" allowfullscreen><\/iframe><\/div>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-7a5ab492-eb0a-4cd9-9b74-10d11126f360\"><h2>Domande<\/h2>\n<p><strong><strong>1.<\/strong> <\/strong>Quale proteina della banca dati ha il pi\u00f9 alto valore di similarit\u00e0 con la tua?<strong><br><strong>2.<\/strong> <\/strong>Che percentuale di identit\u00e0 c\u2019\u00e8 fra la tua proteina sconosciuta e il miglior risultato della ricerca?<strong><br><strong>3.<\/strong> <\/strong>Qual \u00e8 la funzione biologica nota della proteina pi\u00f9 simile alla tua? (clicca sul link nella seconda colonna della tabella dei risultati (DB:IB) e scorri fino a \u201cGeneral annotation (Comments)\u201d).<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-36f3994d-b165-4987-a6b7-5098d466eec3\"><h2>Lista attivit\u00e1<\/h2>\n<ul class=\"wp-block-list\"><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/?lang=it\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28423\">Esploriamo l\u2019evoluzione delle proteine sensibili alla luce<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-1-search-for-protein-identity\/?lang=it\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28446\">Parte 1: Ricerca per identit\u00e0 di proteine<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-2-multiple-sequence-alignment-of-protein-sequences\/?lang=it\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28460\"><strong>Parte 2: Allineamento multiplo di sequenze proteiche<\/strong><\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-3-phylogenetic-analysis-of-aligned-protein-sequences\/?lang=it\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28480\">Parte 3: Analisi filogenetica delle sequenze proteiche allineate<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-4-topological-and-structural-analysis-of-proteins\/?lang=it\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28503\">Parte 4: Analisi topologica e strutturale delle proteine<\/a><\/li><\/ul>\n<\/section>\n<\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"featured_media":28447,"parent":28423,"menu_order":4,"template":"","class_list":["post-28446","teachingbase","type-teachingbase","status-publish","has-post-thumbnail","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/28446","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/types\/teachingbase"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/28423"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media\/28447"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=28446"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}