{"id":28423,"date":"2014-01-14T12:36:22","date_gmt":"2014-01-14T11:36:22","guid":{"rendered":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/"},"modified":"2021-06-17T12:51:18","modified_gmt":"2021-06-17T12:51:18","slug":"opsins-bioinformatics","status":"publish","type":"teachingbase","link":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/?lang=it","title":{"rendered":"Esploriamo l\u2019evoluzione delle proteine sensibili alla luce"},"content":{"rendered":"\n<div class=\"vf-tabs\"><ul class=\"vf-tabs__list\" data-vf-js-tabs=\"true\"><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-aeffaa3d-a89c-4cec-a954-6a3ae32d7227\">Descrizione<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-0d944763-e9ee-4ccc-a55e-ee51613c0e16\">Prerequisiti tecnici<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-aa0a2b85-50ab-4cdf-92c9-9fcd7d705013\">Strumenti bionformatici<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-7e7fdaaf-84b8-49f5-8461-ac9c544770a0\">Lista attivit\u00e1<\/a><\/li><\/ul><div class=\"vf-tabs-content\" data-vf-js-tabs-content=\"true\">\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-aeffaa3d-a89c-4cec-a954-6a3ae32d7227\"><h2>Descrizione<\/h2>\n<p>In questa esercitazione utilizzeremo alcuni approcci bioinformatici per studiare l\u2019evoluzione molecolare dei geni. Come prima cosa useremo BLAST per identificare una proteina \u201csconosciuta\u201d e trovare informazioni generali riguardo alla sua funzione biologica. Per raccogliere indizi riguardo all\u2019evoluzione della sua famiglia di proteine, confronteremo quindi varie sequenze di proteine fra loro omologhe e cercheremo le regioni conservate e quelle variabili all\u2019interno della sequenza, al fine di identificare i residui che sono importanti per conservare la funzione. Nell\u2019esercizio che segue impareremo a costruire un albero filogenetico per capire le relazioni fra omologhi, paralogi ed ortologhi, e studiare le relazioni evolutive all\u2019interno della famiglia proteica. L\u2019ultima parte dell\u2019esercitazione ci porter\u00e0 ad osservare la struttura tridimensionale di alcuni membri della famiglia proteica.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-0d944763-e9ee-4ccc-a55e-ee51613c0e16\"><h2>Prerequisiti tecnici<\/h2>\n<p>Questa esercitazione \u00e8 stata progettata per sistemi operativi basati su Windows. Gli utilizzatori di Mac potrebbero incontrare problemi di compatibilit\u00e0 dovuti a Java utilizzando JalView e Astex Viewer. Il browser raccomandato per questa attivit\u00e0 \u00e8 Firefox.<\/p>\n\n\n\n<p>JalView e Astex Viewer richiedono che Java sia installato nel computer e attivato nel browser web. Java si pu\u00f2 installare gratuitamente via <a href=\"http:\/\/www.java.com\/en\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">java.com<\/a>. Le istruzioni per attivare Java nel browser web sono disponibili in inglese <a href=\"http:\/\/www.java.com\/en\/download\/help\/enable_browser.xml\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">a questo link<\/a>.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-aa0a2b85-50ab-4cdf-92c9-9fcd7d705013\"><h2>Strumenti bionformatici<\/h2>\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation)<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p><a rel=\"noopener noreferrer\" href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/muscle\/\" target=\"_blank\">http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/muscle\/<\/a><br>Strumento per allineare e comprare molte sequenze, particolarmente adatto per le sequenze di aminoacidi.<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Protein BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p><a rel=\"noopener noreferrer\" href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/sss\/ncbiblast\/\" target=\"_blank\">http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/sss\/ncbiblast\/<\/a><br>Strumento per cercare una sequenza proteica in una banca dati di sequenze proteiche. Trova regioni di identit\u00e0 locale fra sequenze proteiche e pu\u00f2 quindi essere usato per identificare una proteina ignota comparandola con quelle note presenti nella banca dati.<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Uniprot<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p><a rel=\"noopener noreferrer\" href=\"http:\/\/www.uniprot.org\/\" target=\"_blank\">http:\/\/www.uniprot.org\/<\/a><br>Catalogo che contiene informazioni sulle proteine, comprese la sequenza e la funzione.<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Protein Data Bank in Europa (PDBe)&nbsp;<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p><a rel=\"noopener noreferrer\" href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/pdbe\/\" target=\"_blank\">http:\/\/www.ebi.ac.uk\/pdbe\/<\/a><br>Banca dati che contiene informazioni sulla struttura delle macromolecole biologiche.<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Glossar<\/strong>io<\/h3>\n\n\n\n<p>Visita il <a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/ells-glossary\/\" target=\"_blank\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"22299\">Glossario ELLS<\/a> per scoprire pi\u00fa termini relativi alla bioinformatica.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-7e7fdaaf-84b8-49f5-8461-ac9c544770a0\"><h2>Lista attivit\u00e1<\/h2>\n<ul class=\"wp-block-list\"><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/?lang=it\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28423\">Esploriamo l\u2019evoluzione delle proteine sensibili alla luce<\/a><\/li><li><strong><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-1-search-for-protein-identity\/?lang=it\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28446\">Parte 1: Ricerca per identit\u00e0 di proteine<\/a><\/strong><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-2-multiple-sequence-alignment-of-protein-sequences\/?lang=it\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28460\">Parte 2: Allineamento multiplo di sequenze proteiche<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-3-phylogenetic-analysis-of-aligned-protein-sequences\/?lang=it\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28480\">Parte 3: Analisi filogenetica delle sequenze proteiche allineate<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/opsins-bioinformatics\/part-4-topological-and-structural-analysis-of-proteins\/?lang=it\" data-type=\"teachingbase\" data-id=\"28503\">Parte 4: Analisi topologica e strutturale delle proteine<\/a><\/li><\/ul>\n<\/section>\n<\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Uses bioinformatics to explore the evolution of light-sensitive proteins.<\/p>\n","protected":false},"featured_media":28406,"parent":0,"menu_order":5,"template":"","class_list":["post-28423","teachingbase","type-teachingbase","status-publish","has-post-thumbnail","hentry","age-group-16-19","topic-area-evolutionary-biology"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/28423","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/types\/teachingbase"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media\/28406"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=28423"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}