{"id":28290,"date":"2014-04-24T09:34:56","date_gmt":"2014-04-24T07:34:56","guid":{"rendered":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/"},"modified":"2021-06-18T14:52:33","modified_gmt":"2021-06-18T14:52:33","slug":"gfp-treasure-hunt","status":"publish","type":"teachingbase","link":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/?lang=it","title":{"rendered":"Caccia al tesoro GFP"},"content":{"rendered":"\n<div class=\"vf-tabs\"><ul class=\"vf-tabs__list\" data-vf-js-tabs=\"true\"><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-523c3925-2c9f-4e6a-bdd1-5bd70abac03c\">Descrizione<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-12bcdfb5-2c34-4290-915e-92e21cc545e1\">Requisiti tecnici<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-be0af349-8cc4-4a10-916c-28f87a4b1f8a\">Strumenti di bioinformatica<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-5498d92f-f4cd-41e3-94ef-bfd891b4e6a4\">Liste attivita<\/a><\/li><\/ul><div class=\"vf-tabs-content\" data-vf-js-tabs-content=\"true\">\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-523c3925-2c9f-4e6a-bdd1-5bd70abac03c\"><h2>Descrizione<\/h2>\n<p>Questa caccia al tesoro \u00e8 stata progettata per introdurre i vari approcci bioinformatici che possono essere utilizzati per identificare ed analizzare sequenze di DNA e proteine. Nel corso dell\u2019attivit\u00e0 verranno analizzate le sequenze del DNA e degli aminoacidi della proteine verde fluorescente \u2013 Green Fluorescent Protein (GFP) e di altre molecole ad essa correlate utilizzando diversi database e strumenti di analisi disponibili sul web. I dati biologici \u2013 ad esempio sequenze di DNA e proteine o informazioni strutturali \u2013 sono archiviate e aggiornate in database che sono resi disponibili agli scienziati. Poich\u00e9 la maggior parte dei dati sono prodotti utilizzando finanziamenti pubblici, essi sono resi pubblici. Allo stesso modo, gli strumenti bioinformatici sono progettati dagli scienziati utilizzando finanziamenti pubblici e quindi sono messi a disposizione di altri scienziati e del pubblico. In questa attivit\u00e0 utilizzeremo questi database e questi strumenti per la nostra analisi.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-12bcdfb5-2c34-4290-915e-92e21cc545e1\"><h2>Requisiti tecnici<\/h2>\n<p>Astex Viewer richiede l\u2019installazione sul computer e l\u2019abilitazione nel browser web di Java . Java pu\u00f2 essere scaricato gratuitamente da&nbsp;<a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"http:\/\/www.java.com\/en\/\" target=\"_blank\">java.com<\/a>. Informazioni su come abilitare Java nel vostro browser web sono disponibili su&nbsp;<a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"http:\/\/www.java.com\/en\/download\/help\/enable_browser.xml\" target=\"_blank\">here<\/a>.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-be0af349-8cc4-4a10-916c-28f87a4b1f8a\"><h2>Strumenti di bioinformatica<\/h2>\n<p><strong>ENA (European&nbsp;Nucleotide&nbsp;Archive<\/strong><strong>)<\/strong>&nbsp;<a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/ena\/browser\/sequence-search\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">https:\/\/www.ebi.ac.uk\/ena\/browser\/sequence-search<\/a><\/p>\n\n\n\n<p>Database che fornisce una registrazione completa delle informazioni internazionali sulle sequenze nucleotidiche, comprendenti dati grezzi di sequenziamento, informazioni sull\u2019assemblaggio delle sequenze e annotazioni funzionali. ENA \u00e8 formato da un certo numero di distinti database che includono EMBL-Bank, Sequence Read Archive (SRA) e Trace Archive.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>MUSCLE (Multiple&nbsp;Sequence&nbsp;Comparison by&nbsp;Log-Expectation)&nbsp;<\/strong><a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/muscle\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/muscle\/<\/a><\/p>\n\n\n\n<p>Strumenti per allineare e confrontare sequenze multiple, particolarmente adatto per le sequenze di aminoacidi.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>EMBOSS Transeq (European Molecular Biology Open Software Suite Transeq)<\/strong>&nbsp;<a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/st\/emboss_transeq\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/st\/emboss_transeq\/<\/a><\/p>\n\n\n\n<p>Strumento che traduce sequenze di acidi nucleici nelle corrispondenti sequenze peptidiche.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Protein Data Bank in Europe (PDBe)<\/strong>&nbsp;<a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/pdbe\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">http:\/\/www.ebi.ac.uk\/pdbe\/<\/a><\/p>\n\n\n\n<p>Database contenente informazioni sulla struttura delle macromolecole biologiche.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-5498d92f-f4cd-41e3-94ef-bfd891b4e6a4\"><h2>Liste attivita<\/h2>\n<p>Il men\u00f9 di navigazione qui sotto mostra i vari passaggi dell\u2019attivit\u00e0. Iniziate la caccia al tesoro cliccando su \u201cGFP treasure hunt introduction\u201d nel men\u00f9.<\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/?lang=it\">Caccia al tesoro GFP<\/a><\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/gfp-treasure-hunt-introduction\/?lang=it\"><strong>Caccia al tesoro GFP \u2013 Introduzione<\/strong><\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-1-database-search\/?lang=it\">Step 1: Ricerca nel database<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-2-comparison-of-nucleotide-sequences\/?lang=it\">Step 2: Confronto di sequenze nucleotidiche<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-3-translation-of-mrnas\/?lang=it\">Step 3: Traduzione degli mRNA<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-4-comparison-of-amino-acid-sequences\/?lang=it\">Step 4: Confronto di sequenze aminoacidiche<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-5-structure-of-gfp\/?lang=it\">Step 5: Struttura della GFP<\/a><\/li><\/ul>\n<\/section>\n<\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>\u2018Treasure hunt\u2019-style introduction to bioinformatics approaches using the protein GFP.<\/p>\n","protected":false},"featured_media":28291,"parent":0,"menu_order":4,"template":"","class_list":["post-28290","teachingbase","type-teachingbase","status-publish","has-post-thumbnail","hentry","age-group-16-19","topic-area-bioinformatics"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/28290","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/types\/teachingbase"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media\/28291"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=28290"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}