{"id":28286,"date":"2014-04-24T09:34:56","date_gmt":"2014-04-24T07:34:56","guid":{"rendered":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/"},"modified":"2021-06-18T14:51:34","modified_gmt":"2021-06-18T14:51:34","slug":"gfp-treasure-hunt","status":"publish","type":"teachingbase","link":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/?lang=fr","title":{"rendered":"Chasse au tr\u00e9sor GFP"},"content":{"rendered":"\n<div class=\"vf-tabs\"><ul class=\"vf-tabs__list\" data-vf-js-tabs=\"true\"><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-523c3925-2c9f-4e6a-bdd1-5bd70abac03c\">Introduction<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-12bcdfb5-2c34-4290-915e-92e21cc545e1\">Les pr\u00e9-requis techniques<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-be0af349-8cc4-4a10-916c-28f87a4b1f8a\">Outils bioinformatiques<\/a><\/li><li class=\"vf-tabs__item\"><a class=\"vf-tabs__link\" href=\"#vf-tabs__section-5498d92f-f4cd-41e3-94ef-bfd891b4e6a4\">Navigation d&#8217;activit\u00e9<\/a><\/li><\/ul><div class=\"vf-tabs-content\" data-vf-js-tabs-content=\"true\">\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-523c3925-2c9f-4e6a-bdd1-5bd70abac03c\"><h2>Introduction<\/h2>\n<p>Cette chasse au tr\u00e9sor a \u00e9t\u00e9 con\u00e7ue pour initier les participants \u00e0 diverses approches en bio-informatique pouvant \u00eatre utilis\u00e9es pour identifier et analyser les s\u00e9quences d\u2019ADN et de prot\u00e9ines. Dans cette activit\u00e9, nous allons analyser la s\u00e9quence de l\u2019ADN et des acides amin\u00e9s de la prot\u00e9ine \u00e0 fluorescence verte (GFP) et des mol\u00e9cules qui y sont \u00e9troitement li\u00e9es, en utilisant diff\u00e9rentes bases de donn\u00e9es et autres outils Web. Des donn\u00e9es biologiques \u2013 par ex., des s\u00e9quences d\u2019ADN et de prot\u00e9ines ou des informations sur les structures \u2013 sont conserv\u00e9es et pr\u00e9serv\u00e9es dans des bases de donn\u00e9es qui sont accessibles aux scientifiques. \u00c9tant donn\u00e9 que la plupart des bases de donn\u00e9es sont \u00e9labor\u00e9es gr\u00e2ce \u00e0 des fonds publics, elles sont aussi accessibles au grand public. De la m\u00eame fa\u00e7on, les outils bio-informatiques sont con\u00e7us par des scientifiques qui re\u00e7oivent des subventions du secteur public et ils sont donc mis \u00e0 la disposition d\u2019autres scientifiques et du public. Dans cette activit\u00e9, nous utiliserons ces types de bases de donn\u00e9es et d\u2019outils bio-informatiques pour effectuer nos analyses.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-12bcdfb5-2c34-4290-915e-92e21cc545e1\"><h2>Les pr\u00e9-requis techniques<\/h2>\n<p>L\u2019application de visualisation Astex requiert l\u2019installation de Java sur votre ordinateur et doit b\u00e9n\u00e9ficier des param\u00e8tres d\u2019autorisation de votre navigateur Web. Vous pouvez installer Java gratuitement \u00e0 partir de&nbsp;<a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"http:\/\/www.java.com\/en\/\" target=\"_blank\">java.com.<\/a>&nbsp;Cliquez sur le&nbsp;<a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"http:\/\/www.java.com\/en\/download\/help\/enable_browser.xml\" target=\"_blank\">lien<\/a>&nbsp;suivant pour voir la proc\u00e9dure \u00e0 suivre afin d\u2019activer Java sur votre navigateur Web.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-be0af349-8cc4-4a10-916c-28f87a4b1f8a\"><h2>Outils bioinformatiques<\/h2>\n<p><strong>Registre Europ\u00e9en des nucl\u00e9otides, ENA (European&nbsp;Nucleotide&nbsp;Archive<\/strong><strong>)<\/strong>&nbsp;<a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/ena\/browser\/sequence-search\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">https:\/\/www.ebi.ac.uk\/ena\/browser\/sequence-search<\/a><\/p>\n\n\n\n<p>Une base de donn\u00e9es qui offre des dossiers complets d\u2019information sur la d\u00e9termination mondiale des s\u00e9quences nucl\u00e9otidiques, couvrant les donn\u00e9es de s\u00e9quen\u00e7age brut, des informations sur l\u2019assemblage des s\u00e9quences g\u00e9nomiques et des annotations fonctionnelles. L\u2019ENA est constitu\u00e9 d\u2019un nombre distinct de bases de donn\u00e9es qui comprennent la banque du Laboratoire Europ\u00e9en de biologie mol\u00e9culaire (LEBM), la Sequence Read Archive (SRA) et la Trace Archive.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>MUSCLE (anglais :&nbsp;Multiple&nbsp;Sequence&nbsp;Comparison by&nbsp;Log-Expectation)&nbsp;<\/strong><a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/muscle\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/muscle\/<\/a><\/p>\n\n\n\n<p>Un outil pour aligner et comparer des s\u00e9quences multiples, particuli\u00e8rement utile pour les s\u00e9quences d\u2019acides amin\u00e9s.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>EMBOSS Transeq (de l\u2019anglais : European Molecular Biology Open Software Suite Transeq)<\/strong>&nbsp;<a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/st\/emboss_transeq\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/st\/emboss_transeq\/<\/a><\/p>\n\n\n\n<p>Un outil qui traduit les s\u00e9quences d\u2019acides nucl\u00e9iques vers les s\u00e9quences peptidiques correspondantes.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Protein Data Bank en Europe (PDBe)<\/strong>&nbsp;<a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/pdbe\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">http:\/\/www.ebi.ac.uk\/pdbe\/<\/a><\/p>\n\n\n\n<p>Une base de donn\u00e9es qui contient des informations sur la structure des macromol\u00e9cules biologiques.<\/p>\n<\/section>\n\n\n\n<section class=\"vf-tabs__section\" id=\"vf-tabs__section-5498d92f-f4cd-41e3-94ef-bfd891b4e6a4\"><h2>Navigation d&#8217;activit\u00e9<\/h2>\n<p>Le menu de navigation ci-dessous indique les \u00e9tapes individuelles pour la r\u00e9alisation de l\u2019activit\u00e9. Vous pouvez d\u00e9buter la chasse au tr\u00e9sor en cliquant sur \u201cIntroduction, chasse au tr\u00e9sor GFP\u201d dans le menu ci-dessous.<\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/?lang=fr\">Chasse au tr\u00e9sor GFP<\/a><\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/gfp-treasure-hunt-introduction\/?lang=fr\"><strong>Chasse au tr\u00e9sor GFP \u2013 Introduction<\/strong><\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-1-database-search\/?lang=fr\">\u00c9tape 1: Recherche avec bases de donn\u00e9es<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-2-comparison-of-nucleotide-sequences\/?lang=fr\">\u00c9tape 2: Comparaison des s\u00e9quences de nucl\u00e9otides<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-3-translation-of-mrnas\/?lang=fr\">\u00c9tape 3 : Traduction de l&#8217;ARN messager<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-4-comparison-of-amino-acid-sequences\/?lang=fr\">\u00c9tape 4 : Comparaison des s\u00e9quences d&#8217;acides amin\u00e9s<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/www.embl.org\/ells\/teachingbase\/gfp-treasure-hunt\/step-5-structure-of-gfp\/?lang=fr\">\u00c9tape 5: Structure de la GFP<\/a><\/li><\/ul>\n<\/section>\n<\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>\u2018Treasure hunt\u2019-style introduction to bioinformatics approaches using the protein GFP.<\/p>\n","protected":false},"featured_media":28287,"parent":0,"menu_order":4,"template":"","class_list":["post-28286","teachingbase","type-teachingbase","status-publish","has-post-thumbnail","hentry","age-group-16-19","topic-area-bioinformatics"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase\/28286","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/teachingbase"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/types\/teachingbase"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media\/28287"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.embl.org\/ells\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=28286"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}